Сезон 2

После падения ЩИТа Филу Колсону предстоит непростая задача возродить из пепла организацию, так необходимую человечеству — даже если оно само об этом не подозревает. Однако все прежние агенты ЩИТа разбрелись кто куда — кто-то начал новую жизнь, а кто-то переметнулся в Гидру и пустился во все тяжкие. Преданные люди на вес золота, и Колсон вынужден просить помощи у старых знакомых. А между тем мы узнаем, как в далеком 1945ом агент Пегги Картер вместе с Ревущей командой наведалась на секретную базу Гидры и конфисковала множество инопланетных артефактов, включая загадочный Обелиск. Им, кстати, вдруг заинтересовалось подозрительно много разных людей — включая нашего старого знакомого Карла «Крашера» Крила.

Колсон и его команда продолжают преследовать Крила в надежде перехватить Обелиск раньше, чем его получит Гидра, а Лэнс Хантер обдумывает новое предложение о работе. Фитц пытается справиться со своими проблемами и найти способ победить Крила — а может быть, и нового друга. Тем временем в игру вступает еще одна старая знакомая — и на чьей она стороне, пока непонятно.

Скай продолжает учиться всему, что должен знать настоящий агент ЩИТа, и вскоре ей выпадает возможность проверить вновь приобретенные навыки в деле. Гидра вышла на Донни Гилла из академии ЩИТа с намерением завербовать его — и наши герои должны опередить врага. Фитц пытается помочь друзьям и показать, что он все еще на что-то способен, а Колсон, наконец, открывает агентам истинную причину, по которой из команды ушла Симмонс.

В результате пожара в Майами сгорела церковь. Уцелело только изображение Мадонны с младенцем, на задней стороне которого обнаруживаются странные знаки — такие же, как те, которые в минуты одержимости чертит агент Колсон. ЩИТ отправляется на место, чтобы заполучить картину. Внезапно выясняется, что за ней охотится и генерал Тэлбот. Хотя он как-то странно себя ведет... Фитц никак не может почувствовать себя комфортно в новом коллективе, но чрезвычайная ситуация возвращает ему уверенность в себе.

Скай продолжает исследовать таинственные письмена по заданию агента Колсона. Однако все ее попытки понять причины этого задания не находят поддержки — будто бы Колсон не очень-то и хочет, чтобы Скай достигла результатов. Тем временем Рэйна в отчаянии. Она умоляет отца Скай вернуть ей Обелиск, но тот отказывает, и она решает обратиться за помощью к агенту Колсону. Если он не согласится помочь, Рэйна угрожает раскрыть Джемму. Судя по всему, дни агента Симмонс в логове Гидры сочтены...

Люди в черной униформе нападают на ООН во время заседания и провозглашают: «ЩИТу надоело прятаться». Есть жертвы. Колсон понимает, что Уайтхолл перешел в наступление и теперь хочет убедить весь мир в необходимости окончательного уничтожения ЩИТа. Главным сторонником радикальных мер оказывается один американский сенатор — по знакомой фамилии Уорд.

Агенту Колсону становится все хуже. Загадочные надписи, которые он все время вырезает на стенах, не отпускают его, и он посвящает им все больше времени. В Нью-Йорке найдено тело учительницы рисования из Аойвы, испещренное все теми же загадочными письменами. Колсон узнает эту женщину — она вовсе не учитель, а агент ЩИТа. Может, найдя ее убийцу, он наконец получит ключ к разгадке? В это время вторая половина команды занята поисками Гранта Уорда, чтобы если не поймать его, то хотя бы выяснить — на чьей же он сейчас стороне?

Отец Скай объясняет Уайтхоллу, что Обелиск — не оружие, а ключ. Ключ к тому городу, который обнаружил Колсон. Начинается гонка за обладание тайной, которую скрывает таинственный город, и вопрос в том, кто успеет первым — ЩИТ или Гидра. Счет идет на минуты, а точнее на шесть минут, но у директора Колсона уже есть хитроумный план, который включает в себя радиопередатчик, часы и пуговицу. Тем временем Уорд решает семейные проблемы.

Местонахождение таинственного инопланетного города обнаружено, и Колсон собирается проникнуть в него и уничтожить. Но внезапно Сэм Кейнег, брат Билли (сколько их вообще?), сообщает, что Гидра выследила Рэйну. Команда разделяется — половина отряда летит в Ванкувер спасать Рэйну, а другая — в Пуэрто-Рико разбираться с городом. Тем временем что-то замышляет Уорд, а Бобби пытается помочь Симмонс разобраться с отношениями с Фитцем — хотя ей сперва самой бы разобраться со своими.

Мэй спасает команду от неминуемой гибели, и теперь герои планируют вторую попытку проникнуть в подземный город — и взорвать его к чертям. Но Рэйна, Скай и координаты города теперь у Гидры, так что нужно поспешить. Тем временем в рядах Гидры не все спокойно. Скай наконец-то встречается с отцом  — и теперь он, получив от новых союзников все, что хотел, намерен всех их перебить. Уорд, кажется, тоже делает однозначный выбор в пользу Скай, и теперь доктору Уайтхолу нужно бороться не только со ЩИТом, но и со своими недавними соратниками.

Доктор Уайтхолл мертв, а Прорицатель все же был активирован. Рэйна в ужасе пытается избавиться от своего нового облика, а Скай понимает, что Прорицатель как-то повлиял и на нее. Но директор Колсон уверен — сейчас не время обдумывать произошедшее и считать потери: нужно нанести Гидре еще один удар, пока она не оправилась от первого. Сначала он решает заручиться поддержкой генерала Тэлбота и в обмен отдать ему Бакши. Но по дороге Бакши невероятным образом удается сбежать.

В небольшом городке Фару в Португалии полиция находит странную женщину невероятной силы, которая не помнит, где она, и всё твердит про какую-то каву. Директор Колсон срочно вылетает туда и убеждается в своих подозрениях: женщина — леди Сиф из Асгарда. Найденное в интернете видео ее драки с невероятно сильным мужчиной с жезлом не помогает прояснить ситуацию, но осмотр места происшествия наводит агентов на след: противник леди Сиф — из расы крии. И, зачем бы он ни прибыл на Землю, лучше его поскорее остановить.

Узнав правду, Колсон внес Скай в список одаренных и заключил ее под стражу. Друзья хотят ей помочь, и в первую очередь обезопасить ее от самой себя. Специально для Скай ЩИТ вызывает психиатра, который раньше работал с одаренными. Отдельный интерес ситуации придает то, что когда-то этот психиатр был женат на Мэй. Тем временем одержимый идеей мести отец Скай собирает команду особо опасных одаренных и собирается выступить против ЩИТа в открытую.

Уорд, благодарный Агенту 33, которая спасла его во время штурма базы Гидры, ищет способ вылечить ее лицо. Директор Колсон, ради безопасности Скай и всех остальных, отвозит ее в убежище Фьюри, где она должна отдохнуть и попытаться взять свои силы под контроль. А Хантер поближе знакомится с организацией, в которую его притащили Мак с Бобби — и эта организация ему совсем не нравится.

Колсон и Мэй понимают, что Мак и Бобби работают на кого-то еще — и что им нужна шкатулка с инструментами, которую Колсону вручил директор Фьюри со словами о том, что она поможет восстановить ЩИТ. Мы узнаем, как в день, когда ЩИТ пал, был создан другой ЩИТ, и какие цели он преследует. А Скай навещает таинственный гость и приглашает ее присоединиться к новой семье — семье таких же, как она.

Скай обустраивается в новом убежище, знакомится с новыми людьми и узнает много нового об одаренных и их истории в этом мире. Капитан Гонсалес и его сподручные пытаются разгадать загадку шкатулки Фьюри и, кажется, убеждают Симмонс им в этом помочь. Фитц же наотрез отказывается сотрудничать с захватчиками и собирается покинуть ЩИТ. Тем временем Хантер не понимает, как они с Колсоном вдвоем могут победить хорошо организованного и многочисленного противника, но Фил заверяет его, что помощь уже в пути.

Скай учится контролировать свои силы и заодно узнает причину такого специального к себе отношения со стороны хозяев ее нового таинственного дома. Агент Мэй соглашается сотрудничать с новым руководством ЩИТа и узнает, что у Колсона было гораздо больше тайн, чем она полагала. Получив руководство над родным штабом, Мелинда решает полноценно изучить, чем занимался Филипп Колсон на посту директора и что скрывается под кодовым названием «тета-протокол». Просматривая историю Колсона, Мэй вспоминает операцию в Бахрейне, изменившую всю ее жизнь.

Чтобы найти Скай, Колсон хочет внедрить своего человека в Гидру. Ради этого он идет на сделку с Уордом, у которого в багажнике как раз лежит подходящий персонаж — Санил Бакши, который очень рад подчиниться. Под наблюдением Майка Питерсона он выходит на связь с доктором Листом и отлично играет свою роль. Или не играет? Скай проникается теплыми чувствами к отцу и отправляется на прощальную прогулку с ним, чтобы смягчить расставание. Отец хочет показать ей свой офис и родной квартал, но сентиментальная прогулка в любой момент грозит выйти из-под контроля.

Колсон сдался капитану Гонсалесу, предложив ему объединиться против Гидры и нанести удар по их секретной базе в Антарктике, чтобы спасти Линкольна, Майка Питерсона, и, может, даже прикончить всю организацию. Для этого Колсона предлагает направить маленький отряд своих людей, которые смогут незаметно проникнуть на базу, спасти пленников и отключить противовоздушную оборону, освобождая путь остальным. Колсон полагается на Уорда, а тот, в свою очередь, на Санила Бакши, который продолжает работать в стане врага под прикрытием. Скай удается убедить Джай Йин отпустить ее, чтобы спасти Линкольна, и она присоединяется к ЩИТу — старая команда снова в сборе.

Враг разгромлен, и ЩИТ, казалось бы, готов праздновать победу. Рэйна начинает вовсю пользоваться даром провидения и видит угрозу для одаренных, которая скрыта на авианосце Гонсалеса. Вместе с Гордоном она отправляется на корабль, чтобы побольше разузнать о загадочном нечеловеческом узнике за красной дверью. Теперь Гонсалес убежден, что община одаренных несет угрозу, и хочет разобраться с ними раз и навсегда. Колсон предлагает хотя бы попытаться начать с переговоров, а Скай в замешательстве и уже не очень понимает, на какой она стороне.

«Щ.И.Т.» быстро понимает уловку Дзяйин, но нелюди, в том числе Дейзи, нападают на его агентов. С целью подставить «Щ.И.Т.» Нелюди захватывают квинджет «Щ.И.Т.а» и разрушают часть Загробья. Уорд пытает Бобби, желая, чтобы она призналась в том, что якобы намеренно сдала Кару «Г.И.Д.Р.е». Понимая, что она не раскаивается и не сделает это, Уорд устанавливает винтовку и триггер, заставляющий винтовку выстрелить во время открытия двери.

Мэй берет отпуск. Уорд становится во главе «Г.И.Д.Р.ы». Кристаллы терригена через океан распространяются по биосфере (в частности показан рыбий жир, содержащий терриген). Инопланетный камень (являвшийся грузом на авианосце) поглощает Симмонс.