Сезон 4

49011.4 Используя угрозу войны с Доминионом, клингоны решают начать экспансию в Альфа-квадранте. Капитан Сиско просит командование Звездного Флота прислать на станцию лейтенант-коммандера Ворфа, единственного в Звездном Флоте клингона, для облегчения дипломатических отношений с его расой. Просьбу удовлетворяют. 49011.4 Ворфу приходится делать выбор между Звёздным флотом и расой, к которой он принадлежит по крови-клингонами. Последние вынуждены покинуть Кардассию, однако оставляют за собой несколько колоний. Обстановка в альфа-квадранте накаляется.

Авария на «Дефайенте» перебрасывает Сиско в иное измерение, откуда он лишь периодически может попадать в нормальное пространство. Тем временем его сын Джейк взрослеет, становится великим писателем, учёным и лишь в глубоком старости понимает, как вызволить отца.

49066.5 О’Брайен и доктор Башир оказываются захвачены группой мятежников Джем’Хадар. Их предводитель требует найти средство, которое избавит его воинов от наркотической зависимости, при помощи которой Основатели их контролируют.

Гал Дукат присоединяется к Кире в поиске уцелевших после аварии тюремного Кардассианского корабля, и он должен принять трудное решение о жизни своей дочери от любовницы-баджорки.

49195.5 Джадзия встречается с триллом-учёной, чья предыдущая носительница была женой предыдущего носителя Дакса. Между ними вновь возникает взаимное чувство, однако это противоречит законам Триллов.

49263.5 Столкновение с Джем’Хадар серьёзно повреждает «Дефайент», подвергая опасности всю его команду. Это требует полной мобилизации сил членов экипажа.

Трое ференгов во главе с Кварком попадают в прошлое, на Землю в 1947 год, где местное население воспринимает их как захватчиков с Марса.

Кор, клингонский воин, просит у Ворфа оказать ему помощь в поисках легендарного меча императора Кейлесса, реликвии, способной вновь сплотить всех, сейчас разъединенных, клингонов вместе. Но не только они заинтересованы в этой находке.

В свободное от работы время доктор Башир развлекается тем, что на голопалубе разыгрывает роль суперсекретного шпиона. Тем временем из-за террористического акта Сиско и несколько старших офицеров транспортируются в эту программу. Задача Башира-сохранить всех живыми.

Когда подтверждаются опасения, что Основатели уже находятся на Земле, Сиско объявляет полную готовность к войне с Доминионом.

В душу Сиско закрадываются подозрения, что реальная угроза Федерации может главным образом исходить не от Основателей, а изнутри самой Федерации.

Первый министр Баджора Шакаар прибывает на станцию, где сочетает переговоры с Федерацией с ухаживанием за майором Кирой Нерис. Последнее вызывает муки ревности у Одо, что сказывается на его профессионализме.

Кира и Гал Дукат, теперь пониженный в должности до капитана грузового корабля, выслеживают клингонскую Хищную Птицу, которая участвовала в уничтожении мирного форпоста на кардассианской границе.

49556.2 Брат Ворфа, Курн, прибывает на станцию с просьбой к Ворфу чтобы тот убил его. По клингонским законам ритуальное убийство опозоренного клингона должен совершить его близкий родственник.

49565.1 Официанты и другие работники Кварка объединяются и объявляют забастовку против бесчеловечных действий своего шефа. Кварк озадачен, ранее он не сталкивался с такими проблемами в бизнесе.

Из червоточины выходит баджорский корабль, который пропал более двух столетий назад. Единственный пассажир на этом корабле, поэт Акорем Лаан, авторитетно заявляет, что его послали Пророки наводить порядок на Баджоре. Вначале ему верят.

49665.3 Ворф обвиняется в уничтожении гражданского клингонского корабля.

49680.5 О’Брайену ввели в память что он 20 лет провел в тюрьме. Это такой способ наказания в одной цивилизации, которой он чем-то не угодил. Воспоминания его 20-летней отсидки настолько реальны для него, что это начинает влиять на его жизнь на станции.

49699.1 Повстанцы альтернативной вселенной опять нуждаются в помощи. На этот раз они посылают на «Дальний космос 9» Дженнифер, жену Сиско, двойник которой в нашей вселенной уже давно мертв.

49702.2 Одо помогает Луаксане Трой сохранить её ещё не родившегося младенца.

49729.8 Сиско потрясен, когда узнает, что его подруга, Кэсиди Ятис, может быть контрабандисткой-маки.

49904.2 Станция оказывается атакованной мятежниками-ренегатами Джем’Хадар, которые не подчиняются Доминиону. В ответ капитан Сиско совместно с истинными Джем’Хадар отправляется искать пиратов.

Кира, Джадзия и доктор Башир пытаются помочь жителям небольшой планеты, которая 200 лет назад была обработана бактериологическим оружием воинами Джем’Хадар.

Когда у Кварка обнаруживается неизлечимая болезнь, он заключает контракт на продажу частей своего тела, тем самым обеспечив будущее своих родственников. Но когда оказывается что смертельный диагноз был поставлен неправильно, Кварк уже не может оказаться от сделки, ведь у ференги сделка священна.

49962.4 Одо, по природе метаморф, внезапно стал не в состоянии поддерживать свою твердую форму, постоянно превращаясь в аморфную лужицу. Сиско принимает решение отправить его к своему виду — Основателям. Только они смогут, если конечно захотят, помочь Одо снова обрести себя. Но Основатели решают иначе - они забирают у Одо способность морфировать, по сути делая его обычным человеком.