Сезон 2

Кира и О’Брайен летят на планету-тюрьму Кардассианской империи, чтобы вызволить из заключения легендарного баджорского лидера сопротивления Ли Наласа.

Экстремистские элементы противостоят новому правительству Баджора. Кварк узнает, что за террористами, представляющими «Союз Глобального Объединения» (Круг) стоят кардассианцы. Мятежники пытаются захватить «Глубокий космос 9». Со станции эвакуируется все гражданское население.

Пока Сиско и другие офицеры отражают нападения мятежников, Кира и Джадзия собирают и передают временному правительству Баджора доказательства участия в заговоре кардассианцев.

47182.1 Варад, трилл-носитель, захватывает почти пустую станцию с целью забрать у Джадзии её симбионта Дакса и имплантировать его в своё тело.

47177.2 Транзитом на станции оказывается баджорская супружеская пара и их приемный сын- кардассианец. Выясняется, что мальчик является сыном видного сановника Кардассии.

47229.1 Башир влюбляется в доктора Мелору Павлар, ученую с планеты с низкой силой тяжести, вынужденную, из-за сильной для неё гравитации, передвигаться в инвалидном кресле.

Великий Нагус поручает Кварку проведение деловых переговоров с одной упорной расой из Гамма-квадранта. Ференги находит помощника в лице Пел, однако та оказывается женщиной, что вызывает скандал. Первое упоминание о Доминионе.

47282.5 Одо приходится расследовать дело времён кардассианской оккупации. Выясняется, что убитый баджорец сотрудничал с захватчиками.

47329.4 Сиско влюбляется в интересную и загадочную женщину, но оказывается, что у неё уже есть муж — выдающийся учёный.

47391.2 Беженцы из квадранта Гамма, которые уже давно ищут себе новую родину, прилетают на «Дальний космос 9». После долгих разборов выясняется, что Баджор их вполне устраивает.

Один из посетителей станции устраивает здесь новую азартную игру. Кварк начинает резко переживать за свой бизнес. Вскоре выясняется, что новая игра остановила законы вероятности в пределах станции.

47391.7 Первый исследователь Одо, доктор Мора Пол, предлагает Одо составить ему компанию в путешествии в Гамма-квадрант, где исследовательская партия Федерации обнаружила похожую на Одо форму жизни.

47529.4 Доктор Башир и О’Брайен пытаются уничтожить древнее и очень опасное бактериологическое оружие. В результате инцидента О’Брайен оказывается заражен этой напастью.

47552.1 Возвратившись на «Дальний космос 9», О’Брайен крайне озадачен некой скованностью и таинственностью, которые он испытывает по отношению к себе от практически всех обитателей станции.

47573.1 При осмотре планет, пригодных для колонизации, Сиско и О’Брайен оказываются в плену на планете, где группа поселенцев, отрезанная от цивилизации 10 лет назад, создала общество анти-технологии.

47603.3 При исследовании планет в Гамма-квадранте Джадзия и Одо обнаруживают изолированную деревню, чьи жители загадочно исчезают, и узнают, что аборигены — живые голограммы.

Молодой трилл, потенциальный носитель, прибывает на станцию, чтобы пройти практику у Джадзии Дакс перед будущей имплантацией симбионта в своё тело. Поведение лейтенанта его озадачивает.

Кварк встречает свою старую любовь, Натиму Ланг, которая сейчас находится в бегах от кардассианской службы безопасности.

Три старых клингона, с которыми некогда Кёрзон Дакс дал кровную клятву мести за их первенцев, появляются на станции. Джадзия решает выполнить обещанное своим предшественником.

Сиско озабочен количеством растущих конфликтов Федерации с Кардассианской империей. Кто-то уничтожает кардассианское грузовое судно прямо на подступах к станции «Глубокий космос 9». Выясняется, что за этим стоит организация федеральных переселенцев в демилитаризованной зоне - «Маки».

Старый друг Сиско, коммандер Хадсон, оказывается лидером террористов «Маки», и именно его должен остановить Сиско, не допустив повторной войны Федерации и Кардассии.

Доктор Башир обнаруживает, что в голове его друга, Гарака, находится мозговой имплантат, который может угрожать его жизни. Впрочем, наконец-то становится ясным, что Гарак отнюдь не портной и даже не шпион, а высокопоставленный сотрудник Обсидианового ордена, отправленный в изгнание с Кардассии.

47879.2 Майор Кира и доктор Башир попадают в альтернативную вселенную (ту, в которой в своё время был Кирк («Зеркало, зеркало», Оригинальные серии)). Здесь Баджор — часть Кардассианско-Клингонского Альянса, в котором люди (терранцы) подвергаются жесточайшей эксплуатации.

Накануне выборов нового духовного главы Баджора - кай, всплывают факты, из которых следует, что один из основных кандидатов - ведек Барайл, ранее работал на Кардассию. Кира Нерис узнаёт правду, но это уже не может повлиять на исход выборов.

47944.2 О’Брайен арестован кардассианской службой безопасности по обвинению в преступной связи с повстанцами «Маки».

Исследовательская группа «Дальний космос 9» под руководством коммандера Сиско оказывается захваченной Джем’Хадар, солдатами Доминиона. Через них предъявляется ультиматум Федерации с требованием покинуть владения Доминиона и никогда больше не появляться в Гамма-квадранте.