Сезон 3

48213.1 Сиско возвращается на станцию после брифинга в штабе звездного флота на «Дефайенте», новом военном корабле Федерации, оборудованном по последнему слову техники и оснащенном Ромуланским устройством невидимости. На этом корабле Сиско и команда отправляются в Гамма-квадрант с целью найти загадочных Основателей, хозяев Доминиона.

48213.1 Одо узнает интересную историю своего прошлого и знакомится со своим родным миром. Выясняется, что он — представитель расы Основателей или Меняющихся. Тем временем представители Федерации уже готовы подписать мирный договор с Доминионом с предоставлением ему Баджора и станции «Дальний космос 9». Сиско успевает вмешаться.

После того как Кварк случайно убивает пьяного клингона, его вдова Грилка требует чтобы Кварк заменил собой её умершего мужа и женился на ней, для того, чтобы защитить земли её клана от посягательств его кредитора.

Джадзия начинает страдать от серьёзных галлюцинаций. Обеспокоенные Сиско и Башир отвозят её на её родную планету, где узнают, что жизнь Дакс в опасности. Оказывается, что это связано с ещё одним носителем Дакса, о котором не упоминается в официальной биографии симбионта.

Киру похищают кардассианцы, сообщившие ей, что она является дочерью члена Центрального командования и была шпионом Кардассии на Баджоре.

Кварк находит младенца Джем’Хадар в старом, купленном им сухогрузе. Ребенок быстро растет и Одо пытается воспитывать дитя, стараясь внушить ему отвращение к убийствам и насилию.

О’Брайен умудряется активизировать скрытую кардассианскую систему самоуничтожения станции. Системы защиты столь изощрёны, что даже Гал Дукат не может остановить этот процесс.

48423.2 При изучении Гамма-квадранта обнаруживается планета, которая перемещается между измерениями каждые шестьдесят лет. Джадзия успевает влюбиться в одного из аборигенов планеты, однако не может перейти вместе с ним в другое измерение.

48467.3 Том Райкер (генетический дубликат Вильяма Райкера) крадет «Дефайент» и с его помощью осуществляет несколько стремительных атак на Кардассианские форпосты. Во избежание войны Сиско вынужден помогать Галу Дукату остановить мятежного коммандера звёздного флота.

После появления на станции Луаксаны Трой станцию охватывает эпидемия всеобщего любовного флирта, при этом возникают совершенно фантастические комбинации, обусловленные подсознательными влечениями обитателей «Дальний космос 9».

48481.2 Посещая Землю для участия в симпозиуме Звездного Флота Сиско, Джадзия и доктор Башир попадают в 2024 год из-за сбоя телепортатора. Там они неумышленно изменяют временную линию, из-за чего Федерация перестаёт существовать.

48481.2 Сиско пытается восстановить временную линию, для этого он подменяет убитого человека, лидера бунтовщиков Габриэля Белла. Осложнение в том, что согласно истории Белла должны будут скоро убить.

48498.4 Кай Винн при помощи ведека Барайла организует мирные переговоры с Кардассианской империей. Однако при катастрофе шаттла ведек получает тяжелейшие увечья. Для поддержания его в состоянии жизни доктору Баширу приходиться заменять один за другим органы баджорца трансплантами, однако в определённый момент Джулиан понимает, что Барайл из живого существа превращается в машину. Он останавливается и позволяет ведеку умереть.

48521.5 Кира и Одо ищут пропавшего пилота-маки. Поиск заводит их на отдаленную планету. Возникает серьёзная ситуация, которая, похоже, угрожает жизни Киры, однако на деле одна из представителей расы Основателей пытается узнать, что же удерживает Одо среди гуманоидов.

48543.2 Двое кардассианских учёных прибывают на борт станции в рамках нового договора с Баджором, чтобы установить оборудование, которое допустило бы связь через червоточину. Неожиданно возникает проблема: коммандер Сиско получает от радикального ведека толкование пророчества о том, что проект вызовет уничтожение червоточины.

Великий Нагус, прибывает на станцию, выступая за преимущества благотворительности и убеждая всех ференгов заняться ею. Кварк пытается установить истинные причины такого странного поведения Нагуса.

Авария перебрасывает О’Брайена на несколько часов в будущее. Там он видит противостояние клингонов и ромулан, собственную смерть и даже разрушение «Дальний космос 9». Эта информация позволяет предотвратить гибель станции, однако ценой жизни одной из временных жизненных форм шефа.

Обиженный телепат, которому доктор Башир отказал в получении запрещенного лекарства, решил отомстить доктору.

Сиско похищают мятежники из альтернативной вселенной, чтобы он заменил там своего мертвого двойника.

Расследование взрыва в магазине Гарака выводит Одо на организацию ромулано-кардассианского заговора, направленного против Доминиона.

Ромулано-Кардассианский флот выходит в Гамма-квадрант и коммандер Сиско следует за ними на «Дефайенте», чтобы найти Одо.

Сиско и его сын Джек восстанавливают древнюю баджорскую космическую яхту, которая работает на солнечном ветре. Во время первого полета начинают возникать трудности.

Кварк вынужден явиться на свою родную планету, чтобы разобраться с делом своей матери, на которую обрушились обвинения в нарушении основных законов ференги о запрете для женщин заниматься предпринимательской деятельностью.

Когда Кай Винн получает управление Временным Правительством Баджора и начинает выдвигать нелепые обвинения против прежних участников сопротивления, Кира и её бывший руководитель Шакаар готовы защищаться, однако мятежника поддерживают военные — ветераны войны с Кардассией. Шакаар становится фаворитом в выборах на пост первого министра, потеснив с этого места Кай Винн.

48959.1 Джадзия проходит торжественный ритуал триллов — встречу с предыдущими носителями, которые вселяются в её друзей-членов экипажа. Кёрзон вселяется в Одо и признаёт, что придирался к девушке из-за влечения к ней. Тем временем Ног, племянник Кварка, проходит предварительные тесты в Академию Звёздного флота.

48962.5 Меняющийся проникает на «Дефайент» с целью ввязать Федерацию в конфликт с одним из нейтральных миров. Одо приходится открыто выступить против представителя своей расы.