Сезон 1

46379.1 Сиско прибывает на космическую станцию «Дальний космос 9» для вступления в должность и принятия дел. Его интерес к аномалиям в окружающем пространстве приводит его к контакту с ранее неизвестной формой жизни и обнаружению гиперпространственного перехода (червоточины), связывающего два квадранта галактики. В это время станцию атакует кардассианский флот.

Пока майор Кира пытается переквалифицироваться из баджорской повстанки в офицера Звездного Флота, на станцию прибывают две сестры-клингонки, чтобы выполнить заказ бывших хозяев станции — кардассиан.

46421.5 Баджорский рецидивист, схваченный на станции, оказывается убит. Констебль Одо — первый подозреваемый в убийстве заключённого, так как именно он был знаком с ним ранее и остался ужасно на него обижен.

46423.7 Станция оказывается заражённой новым, ранее неизвестным вирусом, который гарантирует всем обитателям летальный исход, если не будет найдено противоядие.

Странный новый друг О’Брайена оказывается охотничьей добычей для пришельцев из Гамма-квадранта.

46531.2 Знакомые по сериалу «Следующее поколение» прелестная девушка-археолог Вэш и аморфный Q появляются на станции. Q, как обычно, начинает доставать командование звёздного флота, в лице подвернувшегося на этот раз Сиско. Тем временем станцию затягивает в червоточину.

46910.1 Джадзия Дакс обвиняется в убийстве военного деятеля, совершённом 30 лет назад, когда трилл-симбионт Дакс ещё находился в другом теле.

Сумасшедший пришелец-преступник вселяется в тело одного из членов команды.

Пришельцы из Гамма-квадранта приносят на борт станции загадочную игру. Игра настолько интересна, что засасывает в себя не только в переносном, но и в буквальном смысле. Командование «Глубокого космоса 9» в полном составе испытало это на себе.

Всемогущий Нагус, король Ференги, умирает на руках Кварка, в последний момент передав тому свою корону и свой пост. Кварк начинает вкушать прелесть власти. И если бы не начавшиеся попытки его убить, то все вообще было бы замечательно.

Беженец из Гамма-квадранта убеждает Одо, что знает о таких же, как он, аморфных существах. Одо повелся, но оказалось напрасно.

Кай Опака, баджорский духовный лидер, вместе с офицерами станции попадает на планету, где не существует смерти, где мертвые оживают. Местные аборигены развлекаются тем, что убивают друг друга, но отсутствие самого понятия «смерть» мешает какой-либо стороне одержать окончательную победу.

46729.1 Умирающий вождь баджорского племени назначил своим преемником О’Брайена. И тот теперь вынужден оправдывать возложенное на него доверие.

46844.3 Немалое самообладание приходится проявить майору Кире, чтобы убедить старенького фермера покинуть баджорскую луну.

46853.2 Искажение подпространства около «Глубокого космоса 9» угрожает самому существованию станции. Но оказывается, что это дело рук некой цивилизации, интересующейся действиями людей в экстремальных ситуациях.

46925.1 Компьютер станции выходит из строя как раз в тот момент, когда на станцию прибывает Луаксана Трой!

46922.3 Из-за телепатического влияния извне персонал «Глубокого космоса» начинает себя весьма своеобразно вести.

Кира встречает на станции кардассианца, который был комендантом тюремного лагеря на Баджоре в период оккупации. Она требует наказать военного преступника.

Ведек Винн, довольно радикальная религиозная фанатичка, провоцирует негодование баджорцев против научного просвещения Кэйко, жены О’Брайена, для того, чтобы устранить ведущего кандидата на пост нового баджорского духовного лидера и самой заменить ушедшую Кай Опаку.