Сезон 9

Дзэцу, следивший за нападением на Коноху, констатирует поражение Нагато и покидает деревню. Ниндзя Страны Молнии отправляются в Скрытый Лист. Бо́льшую часть серии составляет филлерная часть-флешбэк: история о том, как Ирука преподавал в Академии ниндзя, когда там обучались Саскэ и Наруто.

Флешбэк-часть: рассказывает о том, как Ирука поборол в себе неприязнь к Наруто, вспомнив свои детские страдания от одиночества и потери родителей. В конце серии Наруто подставляют его товарищи по классу в Академии, и Ирука хочет его спасти.

Филлерная часть — Наруто находит кунай с секретным документом Конохи, из-за чего попадает в переделку. Какаси и Ирука совместными силами побеждают нападавших. Экранизация манги — в конце серии ведётся небольшой диалог между оставшимися в живых членами Акацуки — Тоби приказывает Кисамэ отправляться за Восьмихвостым. Команда «Така» решает направиться в Коноху.

Экранизация манги — Советом Страны Огня исполняющим обязанности Хокагэ выбран Дандзо. Филлерная часть — бо́льшая часть серии посвящена воспоминаниям Какаси.

Экранизация манги — на помощь Конохе в её восстановлении от атаки Пэйна приходят Инари и его дедушка. Филлерная часть — бо́льшая часть серии посвящена событиям, произошедшим после того, как команда № 7 расправилась с Дзабудзой и Хаку. Наруто и Саскэ возвращаются к мосту, так как Наруто потерял свой купон на обед в Итираку Рамэн. Но в это время бывшие разбойники Гато похищают мальчиков, среди которых и Инари. Всё заканчивается тем, что разбойников побеждают синоби Конохи и Тадзуна со своими товарищами.

Филлерная часть — Наруто и Сакура вспоминают о случае, который произошёл тремя годами ранее, когда те возвращались с миссии. Команда № 7 ищет ночлег в поселении, которое встретилось им на пути. Там они становятся свидетелями неудавшейся вендетты — Цукадо, человек, который, желавший её совершить, утверждает, что хочет отомстить за старика Сикадзо, но участвуя в 34-х поединках, ни разу не смог этого сделать. Тогда Наруто вызывается обучить его боевым приёмам.

Филлер рассказывает о воспоминаниях Гаары. После нападения на Коноху Оротимару, Деревня Песка и Деревня Листа заключили союз. Команде № 7 дают задание встретиться с союзниками из Песка и ликвидировать группу синоби. К великому удивлению членов команды, их партнёрами становятся Гаара и двое новичков под его командованием: Яоки и Короби. На пути к цели на Гаару, Яоки и Короби нападает АНБУ Деревни Песка. Тем временем Какаси встречает членов АНБУ, которые говорят, что хотят убить Гаару. Команде № 7 не без помощи самого Гаары удаётся нейтрализовать противников.

Филлер рассказывает об опасной болезни чакры, которую якобы подхватил Наруто во время очередного задания. Сакура заражается от Наруто. Жителей Конохи эвакуируют во избежание эпидемии, а Наруто пытаются отловить, чтобы эту самую эпидемию избежать. Однако вскоре оказывается, что никакой болезни чакры нет.

В филлере рассказывается о миссии, в которой Тэн-Тэн, Нэдзи и Наруто отправляются к синоби-учёному из Скрытого Листа, чтобы купить у него оружие для деревни.

В филлере рассказывается о том, как Наруто, Ли, Сино и Котэцу Хаганэ в качестве руководителя группы трёх гэнинов получают приказ от Цунадэ поймать страуса-ниндзя, что им в итоге с большим трудом удаётся сделать.

Ли хочет помочь находящейся в коме Пятой Хокагэ в благодарность за то, что та вылечила его 2,5 года назад, и юноша рекомендует Сакуре Лекарство Юности, созданное Гаем. Бо́льшая часть серии рассказывает о том, как во время болезни Рока Ли Сакура, Ино и Наруто искали у границы Страны Огня цветок Дзёфуку, ингредиент, необходимый для приготовления лекарства.

Рассказ о том, как Дзирайя обучал Наруто сопротивлению гэндзюцу. Саннин считал, что если Наруто научится освобождаться от техник иллюзий, то сможет вернуть Саскэ. В результате Дзирайя и Наруто оказываются в деревне, живущей иллюзиями.

Дзирайя и Наруто спасают деревню иллюзий от Кандати — человека, захватившего власть и взявшего её жителей в заложники.

Команда № 7 выполняет миссию ранга D — заполучить отпечаток лапы Нэкоматы, повелителя кошек-ниндзя, для энциклопедии, в которую Саскэ собирал отпечатки лап кошек, когда был маленьким.

Наруто и Коско, «вечный гэнин», выполняют миссию ранга C, которая заключается в патрулировании северной границы Конохи и защите её от врагов, неожиданно напавших на деревню.

Рассказ о куноити из скрытой Деревни Замка Страны Ключа Ханарэ, которая по мнению Конохи была шпионкой. Она была схвачена АНБУ Скрытого Листа; Иноити Яманака, пробравшись в сознание Ханарэ, узнал, что она видела Какаси в детстве.

Команда Конохомару просит Нэдзи рассказать историю про великие поступки Наруто. Но Нэдзи рассказывает о преследовании им, Кибой и Тэн-Тэн двух синоби Скрытого Облака, похитивших Хинату. Ребята в недоумении — ведь Наруто не имеет к этому никакого отношения! Но Нэдзи объясняет им, что Наруто поменял его жизненные взгляды, что является важной частью истории.

Наруто встречает призрака человека, ничего не помнящего о своём прошлом. Удзумаки узнаёт, что этот человек в данный момент лежит в коме в больнице. Вскоре призрак вспоминает, что он, будучи членом АНБУ, выследил Сабиру, предателя деревни, но проиграл ему в бою в битве и тот поджёг его дом. С помощью Наруто призраку удаётся вывести преступника на чистую воду.

Команде № 7 поручают задание вернуть сокровище сестры лорда феодала. При выполнении миссии Наруто и Саскэ были связаны грабителями особой «липучей» техникой, а Сакура похищена. Тем не менее героям удалось освободиться и завершить начатое.

Сикамару вспоминает миссию, которую поручили командам № 7 и № 10 тремя годами ранее. Целью было освобождение внучки старейшины одной из деревень. Во время миссии на Сикамару накладывают технику, из-за которой тот не может больше отдавать приказы, и его берут в плен. Но ребятам удаётся спасти товарища и завершить миссию.

Саскэ вспоминает о миссиях, порученных команде № 7 тремя годами ранее. Саскэ и Какаси поручают отправиться к границе Страны Огня, а Наруто и Сакуре сопровождать Нахо — родственницу феодального Лорда в деревню Сидзумэ. По пути на вторых нападают разыскиваемые ниндзя с целью захватить Нахо; ребят берут в плен. Но позже их находит Саскэ. Освободив ребят, он побеждает главаря. Во время битвы противник вспоминает Итати Утиху, что напомнило юноше о его мести.