Сезон 3

Наруто, Сакура и Сай навещают Какаси в больнице. Какаси предлагает Наруто создать свою собственную технику, по силе превосходящую даже Расэнган. Сай предпринимает попытки наладить отношения с друзьями Наруто.

Какаси выписывается из больницы, начинает тренировать Наруто и рассказывает ему о пяти стихиях, основе силы ниндзя, — Огонь, Ветер, Вода, Молния, Земля.

Наруто продолжает тренировки. Выясняется, что Асума, сын Третьего Хокагэ и дядя Конохамару, так же, как и Наруто, управляет стихией Ветра. Какаси, так же, как и Дзирайя, получает задание собирать информацию об Акацуки. Команда Ямато отправляется на миссию.

Ямато сообщает членам команды, что за последнее время вблизи Храма Огня были вскрыты 4 гробницы ниндзя. Наруто находит одну из скрытых гробниц, на него, по ошибке, нападает Сора, послушник Храма, который вместе с другими монахами должен был встретиться с командой Ямато.

Настоятель Храма рассказывает о том, что среди похищенных тел — тела членов Двенадцати Стражей Ниндзя, лучших синоби Страны Огня, защищавших феодала, среди которых когда-то был и Асума.

Сора и Команда Ямато попадают в ловушку похитителей тел, способных с помощью земляных техник менять ландшафт. Цунадэ приказывает АНБУ следить за Дандзо.

Синоби Конохи пытаются выбраться из лабиринта скал, созданного врагами. Сай спасает Сакуру, убивая огромного паука, но при этом получает травму руки.

На помощь попавшим в ловушку приходят монахи Храма Огня.

Сора и Команда Ямато возвращаются в Коноху. Сай ложится в больницу. Сора затевает драку с тюнинами деревни. Фуридо, Фука, Фуэн и Фудо, Четвёрка похитителей тел, нападают на деревню клана Кохаку.

Асума тренирует Наруто и Сору. Выясняется, что Асума когда-то убил предавшего Коноху Кадзуму, отца Соры. Цунадэ докладывают, что Дандзо куда-то исчез.

АНБУ захватывают Дандзо и неизвестного ниндзя Деревни Скрытого Дождя, для их допроса привлекают Ибики Морино, бывшего экзаменатора Наруто. Сора проникает в Зал допросов, где, используя свою особую силу когда-то разрушившую Храм Огня, нападает на Асуму, подтвердившего, что именно он убил Кадзуму. АНБУ использует против Соры сюрикэны, однако на себя весь удар принимает Наруто. Соре удаётся бежать. Фуридо пытается убедить Сору (мнение, которое когда-то разделял и Кадзума), что существование двух правителей — лорда-феодала Страны Огня и Хокагэ Конохи большой минус для блага людей. Сора нападает на Цунадэ, но вовремя вмешивается Наруто.

Во всей Конохе внезапно отключается электричество. Цунадэ вызывает всех капитанов Команд и объявляет в деревне 2-й уровень тревоги. Асума, как и Наруто, начинает преследовать Сору. Четвёрка похитителей тел вызывает Пять Врат, благодаря которым деревня окружается силовым барьером, после чего Цунадэ объявляет 1-ый уровень тревоги. Атакующие используют мощную воскрешающую технику Стихии Земли, после чего становится понятно зачем они раскапывали могилы — на синоби деревни нападают зомби, в числе которых и недавно убитые члены клана Кохаку. Асума делает предположение, что цель Четвёрки — полное уничтожение Конохи.

Великие синоби из числа Двенадцати Стражей Ниндзя — Сэйто, Тоу, Наума и Китанэ, тела которых были похищены, оживают.

Сора, не согласный с планами Четвёрки, нападает на их предводителя, Фуридо. Сакура и Ямато побеждают своих противников из числа Четвёрки похитителей тел — Фуэн и Фудо. Силовой барьер вокруг Конохи, также как и ниндзя-мертвецы исчезает.

Наруто побеждает Фуку. Фуридо рассказывает Соре, что в его тело запечатана часть чакры Девятихвостого Лиса. Асума уничтожает Китанэ, после чего трое других оживших ниндзя также исчезают. Фуридо снимает с Соры некогда наложенную на него печать для ограничения живущей в нём силы.

В Соре пробуждается чакра Девятихвостого Лиса, часть которой была в него помещена. Фуридо, как оказывается, не кто иной, как выживший Кадзума. Прибывшие на подмогу синоби безуспешно пытаются сдержать силу Соры.

Сора вызывает пробуждение чакры Девятихвостого Лиса в Наруто, однако Удзумаки подавляет её.

Асума убивает Фуридо (Кадзуму). Чакра Девятихвостого Лиса покидает тело Соры; тем самым опасность миновала. Наруто говорит Соре, что он его друг. Последние кадры серии показывают как члены Акацуки Хидан и Какудзу охотятся за Двухвостым бидзю.