Сезон 2

Команды Гая и Какаси прибывают в Коноху. Ослабленный использованием мангэкё сярингана Какаси отправляется в больницу. Сакура сообщает Цунадэ о поведанном ей Сасори будущем расположении шпиона Оротимару. Наруто занят поиском новых членов команды из-за отсутствия Саскэ и выбывшего на некоторое время из строя Какаси, и впервые со времени своего возвращения встречает Сино, Кибу, сильно выросшего Акамару и Хинату. На Наруто нападает ниндзя, владеющий Техникой Рисованных Зверей.

Старейшины Конохи выступают против участия Наруто в крупных миссиях и даже хотят чтобы он никогда не покидал деревню; они, тем самым, пытаются оградить юношу от Акацуки. Цунадэ формирует новую команду: Наруто, Сакура, член АНБУ, Ямато, временно исполняющий обязанности Какаси, и ранее напавший на Наруто ниндзя, Сай, назначенный в команду Дандзо, руководителем запрещённой организации «Корень АНБУ».

Наруто противится назначению Сая в команду. Цунадэ, Ямато и Дзирайя в палате Какаси обсуждают возможность проявления у Наруто «покрова Лиса».

По пути на миссию Наруто повторно высказывает претензии к Саю, которого он невзлюбил «с первого взгляда». Обстановка в команде заметно напряжена. Команда Ямато останавливается на горячих источниках.

Продолжая путь, команда останавливается для ночёвки в лесу и для этого Ямато вызывает... целый дом! Ямато просит Сакуру рассказать о Сасори.

Команда Ямато моделирует возможные варианты встречи со шпионом Сасори на мосту Тэнти.

Ямато преображается в Сасори в виде его куклы Хируко; Наруто, Сакура и Сай ожидают в засаде. Шпионом Сасори оказывается Кабуто. Но, как выясняется, когда-то завербованный Акацуки он был перевербован и уже давно по собственной воле служит также появившемуся Оротимару.

После едких слов Оротимару в Наруто снова пробуждается Девятихвостый. Количество хвостов покрова Лиса достигает трёх — максимальное количество, при котором Наруто ещё может контролировать его силу.

Разрушается мост. Сай на нарисованной им птице преследует углубившихся в лес Наруто и Оротимару. Число хвостов покрова Лиса достигает 4-х.

Наруто-Лис и Оротимару поочерёдно обмениваются мощными атаками. Саннин из глубины леса отбрасывает Наруто-Лиса к мосту.

Сакура вспоминает о том, как Наруто обещал во что бы то ни стало вернуть Саскэ и хочет остановить его, чтобы тот полностью не превратился в Лиса, однако Наруто-Лис ранит её. Кабуто неожиданно оказывает помощь Сакуре, после чего временно отступает, в то время как Ямато блокирует следующее нападение Наруто-Лиса и начинает наложение новой печати для подавления силы Лиса. К оставшемуся в лесу Оротимару подходит Сай и говорит, что у него есть послание от Дандзо, главы Корня АНБУ.

Наруто снова принимает человеческий облик. Сай передаёт Оротимару послание Дандзо, после чего Оротимару говорит появившемуся Кабуто, что Сай теперь в их команде. Преследование Оротимару и Сая продолжает древесный клон Ямато. Сакура и Ямато делают предположение, что Сай, под руководством Дандзо, мог использовать миссию команды Ямато чтобы ближе подобраться к Оротимару.

Высказывается предположение, что Дандзо хочет устроить переворот в Конохе с целью захвата власти. Наруто практически ничего не помнит о произошедшем. Клон Ямато обнаруживает поддельный труп Сая.

Ямато рассказывает Наруто, что именно он разрушил мост и нанёс травму Сакуре. Оротимару, Кабуто и Сай добираются до убежища. Древесный клон сообщает Ямато о местонахождении пристанища.

В логове Сай знакомится с Саскэ. Среди документов, переданных Оротимару от Дандзо, оказываются личные дела членов АНБУ. Ямато, Наруто и Сакура проникают в убежище.

Сай, в чью комнату проникают Ямато, Наруто и Сакура, утверждает что его цель — помощь Дандзо в заговоре против нынешнего руководства Конохи.

Команда связывает Сая и вытаскивает его на поверхность, но на них нападает Кабуто. Кабуто освобождает Сая, однако, неожиданно для всех, Сай нападает на Кабуто и связывает его. Снова проникшая в логово Саннина команда Ямато разделяется на две пары.

Оротимару нападает на Наруто и Сая. Наруто настаивает на том, чтобы Сай продолжал поиски Саскэ. К Наруто присоединяются Ямато и Сакура. Оротимару отступает. Ямато обнаруживает книгу убийств Сая — книгу, в которой записаны имена тех, кого ниндзя должен убить; на одной из её страниц — Саскэ.

Сай, решив не выполнять миссию по убийству Утихи, хочет лишь вернуть его в Коноху, сохранив узы дружбы между Саскэ и Наруто, подбирается ко спящему Саскэ и рисует змей, чтобы связать его, не убивая. Рисованные змеи Сая нападают на Саскэ, в ответ лишь притворявшийся спящим Утиха производит мощный взрыв. До места действий добираются Сакура, Наруто и Ямато.

Саскэ пытается убить Наруто, но вмешивается Сай. Саскэ использует Тидори Нагаси, после чего ранит Ямато. Древесный клон исчезает, и Кабуто, которого он сторожил, освобождается. Саскэ, используя сяринган, проникает в душу Наруто и видит там Девятихвостого, силу которого свободно подавляет.

Саскэ пытается нанести финальный удар Кирин по оглушённым после Нагаси друзьям, однако его останавливает Оротимару под предлогом, что синоби Конохи ещё могут им послужить — убить членов Акацуки. Команда Ямато возвращается в деревню и докладывает о произошедшем Цунадэ.