Сезон 3

Вторжение началось! Трицератоны напали на Землю. И всё из-за Фуджитоида, которого в данный момент нет на Земле.

Кейси и Эцприл раздали гражданским в Ценнтральном парке бластеры Трицератонов. Пришельцы отступили, но поймали Донателло, чтобы привести его к Импепатору Занрамону. Трицератонские корабли подняли Пекин в небо.

Леонардо, Рафаэль и Микеланджело встретили группу революционеров трицератонов во главе с Траксимусом. Вместе с ними Айя, Клах и Монзеран со своим Звёздным Отрядом. Донатэлло рассказывает Занрамону, что Фуджитоид покинул Землю, но не может сказать куда тот направился. Чтобы узнать местонахождение Фуджитоида на Донатэлло надевают мозговой зонд - устройство для считывания памяти существ.

Фуджитоид возвращается на Землю и отправляет послание Занрамону, о том что он сдаётся. Позже он связывается с Черепахами и встретив их, говорит о том, что стёр всю информацию о телепортаторе из своей памяти.

Правительство захватывает черепах с Фуджитоидом. Кейси и Эйприл зовут на помощь мастера Сплинтера, чтобы найти черепах. Черепахи и Фуджитоид оказываются в плену у Бишопа, который отдаёт роботс генералу Бланку.

Бишоп противостоит Черепахам, Сплинтеру, Кейси, Эйприл и Кожеголовому. После недолгой борьбы он сбегает. Герои направляются к Профессору Ханейкуту. Генерал Бланк добыввет память Фуджитоида, но в ней не оказывается схем телепортатора. Профессор дарит свой сюрприз флоту Федерации и Республики.

После вторжения пришельцев город начинает поправляться, но после того как люди замечают на улице Рафа они погнались за ним, и он скрылся в случайном доме, у милой старушки. А Майки со Сплинтером сражаются с наёмниками-мистером Тачем и Гоу.

Кожеголовый сходит с ума.

Донатэлло и Рафаэль гонятся за психом в грузовике.

В городе появляется новый борец с преступностью-таинственный Никто.

Черепашки рассказывают Эйприл историю о том как они в детстве выйдя на поверхность «играли в сенсеев» учя обычного мальчишку быть сильным. Но кто мог подумать кем оказался этот мальчик

Черепахи готовятся к Рождеству и приглашают всех своих друзей. В рождество Микеланджело находит рыжего котёнка которого называет Кланк, и возвращает украденные бандитами, рождественные подарки.

Чаплин создаёт робо-копии Караи, для уничтожения черепах.

Ангел просит черепашек о помощи. Её брат Райан на стройке нашёл старинную монету и решил найти клад, пойдя в старинное здание, но не вернулся. Вместе они прибывают в здание принадлежавшие некому С. Ф. Волпахарту. Ангел находит секретную лестницу ведущую вниз и все они туда направляются.

Ороку Саки решает спасти Пекин и поспдить его обратно на Землю.

Во всём городе отключили электричество, и кристаллы из подземелья начали очень сильно светится. В этом замешано существо, черепашки едут в подземелье, и видят что там отстроился город. Существо по прежнему негативно настроено, но там есть не только он.

Некая ученица-стажёр Лорда Времени - Рене из 79- 0 времени, украла скипетр времени и переместилась к черепахам. Лорд Синхронность пришёл за ней. Рене переместила себя и Черепах в 1406 год в средневековую Европу к Саванти Ромеро.

Бишоп похитил Караи, когда она пыталась укрась у него технологии. И теперь говорит Шреддеру Караи в обмен на его технологии. Шреддер не собирается ничего отдавать Бишопу, и даёт Хану последнюю миссию, чтобы вновь подтвердить свлю верность.

После того как Драко и сын Даймё слились и завладели скипетром времени, они появляются в доме черепах и отправляют их всех по разным мирам и временам. Майки очнулся в мире где все черепашки - супергерои.

После того как Драко и сын Даймё слились и завладели скипетром времени, они появляются в доме черепах и отправляют их всех по разным мирам и временам. Рафаэль попадает в мир монстров, и гонок!

После того как Драко и сын Даймё слились и завладели скипетром времени, они появляются в доме черепах и отправляют их всех по разным мирам и временам. Донатэлло оказывается в альтернативном мире, где Шреддер захватил Землю.

После того как Драко и сын Даймё слились и завладели скипетром времени, они появляются в доме черепах и отправляют их всех по разным мирам и временам. Леонардо попадает в мир Усаги и помогает ему, принцессе панде, и её отцу.

Леонардо с Усаги приходят в мир Нексус и Леонардо просит Даймё о помощи. Тот винит Леонаодо, его семью и друга в утрате сына и приказывает посадить его с Усаги в подземелье, но они сбегают. Леонардо с Усаги крадут скипетр Даймё. Гойожи видит это, но хочет помочь и говорит Леонардо, чтобы тот призвал свою семью, а после неудачной попытки забирает скипетр Даймё.

Бишоп собирал ДНК мутантов для создания армии суперсллдат. Но ему нужен был Сплинтер для первого опыта. Он запускает в канализпцию устройства издаюшие высокочастотный звук, доставляющий боль крысам. Черепахи увозят Сплинтера из дома, в надежде, что звук исчезнет, но он исходит во всём городе. Военные ловят черепах и сенсея Сплинтера. Второго привозят к Бишопу, а черепах он приказывает устранить.

Ороку Саки объявляет крупное мероприятие по поводу его якобы переезда. Но на самом деле он планирует улететь на звездолёте в космос, дабы отомстить Утромам. И Бишоп, и черепашки пытаются его остановить.

Караи, Чаплин и Шреддер улетают на своём корабле, но на него садятся и черепахи с учителем Сплинтером. Шреддер решает сам их убить в своём новом экзоскелете. Бишоп направляет свои ракеты на корабль Ороку Саки. Бакстер Стокман взламывает защиту коробля Шреддера и ракеты наносят по нему удар. Шреддер сражается со всеми противниками. Леонардо сражается с Караи.