Сезон 1

Убежище Черепашек подвергается нападению роботов мышеловов Бакстера Стокмана. В поисках нового жилища, Четверке приходится выбираться на улицу, где они сталкиваются с бандой Пурпурных Драконов.

Бакстер Стокман демонстрирует своих мышеловов публике. По его словам, они способны решить проблему появления крыс в городе. Но помощница Стокмана Эйприл О'Нил узнает истинную цель создания этих роботов.

Черепашки приносят Эйприл О'Нил в свое убежище и приводят в чувство. А мышеловы Стокмана тем временем грабят банк.

Похоже, Черепашки-ниндзя не единственные жители города, желающие расправиться с бандой Пурпурных Драконов. Несколько лет назад преступники убили Арнольда Джонса, и теперь его сын Кейси Джонс мечтает отомстить им за смерть своего отца.

В результате нелепой случайности в руки грабителя Гарри Паркера попадает искусственный интеллект под названием Нано. Состоящий из миллионов нано роботов, разум быстро обучается и перенимает у новоявленного папаши все его навыки. А тем временем следующей целью Паркера становится магазин Эйприл О'Нил.

По вине неизвестных злоумышленников во всем Манхеттене гаснет свет. Выбравшись наружу, Черепашки обнаруживают, что за все этим стоят их старые "друзья" Футы и их таинственный предводитель Ороку Саки...

Используя выловленный в реке экзо-скелет, Бакстер Стокман создает роботов-ниндзя, способных становиться невидимыми. Цель у них все та же - найти и уничтожить Черепашек-ниндзя..

Хорошая знакомая Кейси девочка-подросток по имени Ангел вступает в банду Пурпурных Драконов. Кейси Джонс не в силах ее переубедить, а смогут ли это сделать Черепашки?.

Мерзкий тип по прозвищу "Мусорщик" похищает бездомных по всему городу. Полиции до них нет никакого дела, и тогда за собственное расследование берутся Черепашки-ниндзя...

Ороку Саки предлагает Леонардо перейти на его сторону и в знак признательности даже дарит ему меч. Но вот что на самом деле задумал Шреддер?..

Приложив немало усилий, Черепашкам удается всё таки одолеть Хана и ниндзя клана Фут. Но настоящая битва только начинается в этот раз против них сам Шреддер!

Начитавшись комиксов о супер-героях, Микеланджело решает сам стать борцом с преступностью. Вот только как к этому отнесутся настоящие супер-герои, а заодно и... супер-злодеи?!...

Неподалеку от своего убежища Черепашки обнаруживают таинственного незнакомца. Но, отправившись на разведку, неожиданно натыкаются на... трех жутких монстров!

В поисках кристаллов Черепашки и их новые друзья вынуждены спуститься еще ниже - прямиком в подземные катакомбы под Нью-Йорком. Но именно здесь их поджидает опасность куда большая, чем все монстры вместе взятые...

Несмотря на предостережения Зверя и страхи Микеланджело, Черепашки-ниндзя все-таки проникают в таинственный Город Мертвых. И тут же понимают, что зря...

Эта серия посвящена Джеку Кирби королю комиксов. Отправившись на починку водонагревателя, Донателло попадает в самое необычное приключение в своей жизни. И виной всему опять оказываются кристаллы...

Устав от вынужденного бездействия, Леонардо отправляется на ночную прогулку по крышам города. А спустя всего 5 минут на его след выходят ниндзя клана Фут...

Преследуя израненного Леонардо, Шреддер и его ниндзя врываются в магазинчик Эйприл, чтобы раз и навсегда покончить с нашими друзьями. Неужели в этот раз им это удастся?..

Чудом уцелев при взрыве магазина, Черепашки, Сплинтер, Эйприл и Кейси вынуждены на время укрыться в старом загородном домике Кейси. Но вот поправится ли Леонардо?..

Основательно заскучавший Микеланджело теряет бдительность и, отправившись на прогулку по лесу, попадает в объектив видеокамеры. Почти сразу же на ферму Кейси приезжает доктор Абигаль Финн ученая и знаменитая охотница на монстров. И без таинственного "Зеленого Человека" уезжать она явно не намерена...

После нескольких месяцев вынужденного бездействия, Черепашки и их друзья возвращаются в Нью-Йорк, чтобы раз и навсегда покончить со Шреддером и его кланом Фут. Вот только удастся ли им это?..

Очередная страшная опасность поджидает наших друзей в недрах небоскреба Ороку Саки. На сей раз это три жутких клона Шреддера, каждый из которых был создан с одной единственной целью - уничтожать все, что попадается им на пути!

Путем невероятных усилий нашей Четверке удается-таки добраться до цитадели Ороку Саки. Но здесь они сталкиваются с новой неожиданной опасностью - превратив самого себя в гигантского киборга, Бакстер Стокман намерен расквитаться со всеми своими врагами. И Черепашки-ниндзя в этом списке далеко не на последнем месте...

Отправившись на поиски Сплинтера, Рафаэль встречает мальчика по имени Тайлер. А вместе с ним и неприятности!

В поисках своего учителя, Черепашки обращаются за помощью к Стражам, но те неожиданно отказываются им помогать. Проследив за одним из них, Четверка выходит на некий "Космический Научно-Исследовательский Институт" ("TCRI"). Судя по всему, в стенах именно этого здания скрыты ответы на многие их вопросы...

Приложив немало усилий, Черепашкам удается таки проникнуть внутрь здания "TCRI". Но здесь их поджидают еще более зловещие сюрпризы: оказывается все сотрудники Института - пришельцы, ловко маскирующие себя под людей...