Сезон 5

Виктор дает интервью журналистам о сложившейся ситуации в школе. Из школы пропадает Галина Васильевна. Леша раскрывает все больше секретов тайной комнаты. Ребята надеются, что Ермолаев поможет создать вакцину, однако его находят бездыханным.

Поиски Галины Васильевны приводят Лилю и Дениса к неожиданному открытию. Куриленко с ножом разгуливает по школе, разыскивая лекарство. Лариса становится на шаг ближе к созданию вакцины. Тася решает, что ей необходимо заразиться. Леша готовит Вике сюрприз. Рома узнает нечто, что заставляет его вернуться в школу.

В школу возвращается учительница, которую все считали погибшей. Вика помогает Володе восстановить часть файлов из компьютера Вадима. Леша ведет Вику в тайную комнату, чтобы поделится еще одним новым открытием. Женя решает воспользоваться ссорой между Андреем и Дашей. Даша переживает из-за Андрея. Рома оказывается при смерти.

Военные минируют территорию вокруг школы. Взрослые узнают, что некоторые старшеклассники сбежали с Куриленко. Пытаясь спасти ребят, Володя оказывается между жизнью и смертью. Раевский решает завладеть единственным образцом вакцины. Вика хочет признаться в своих чувствах Максиму. Андрей пытается наладить отношения с Дашей. Ребята шокированы находкой в мастерской Ермолаева.

Володя продолжает балансировать на грани жизни и смерти. Денис получает записку от Галины Васильевны. Рома вновь соглашается работать на Морозова. Ребята понимают, что кто-то обыскивал их комнату, и намерены разоблачить тайного агента. Даша и Андрей находят на чердаке бесценные бумаги брата Вадима.

Виктор разочаровывается в Ларисе, когда узнает о её прошлом. Лариса следит за Полиной. Алисе становится плохо. Ребята поражены, что не способны оплакать погибшую подругу. Рома узнает шокирующую правду о Жене. Морозов жестоко наказывает Виктора за неповиновение…

Ребята замечают необычное поведение всех обитателей пансиона. Леша, Лиза и Вика исследуют школу, пытаясь установить причину аномалии. Лиля и Денис ищут ключи к дверям в подземелье графа. Андрей и Максим находят новый проход на нижний уровень. Маша начинает терять рассудок.

Андрей попадает в ловушку. Вика сближается с Максимом, воспользовавшись его болезнью. Лиза вновь видит призраков. Денис и Лиля раскрывают еще одну загадку тайной комнаты. Тем временем учителя и ученики «Логоса» отмечают радостное событие. Однако из-за Алисы, Таси и Юры праздник оказывается на грани срыва.

Пока Леша помогает Максиму и Вике вызволять Андрея из ловушки, Денис и Лиля продолжают совершать новые открытия в тайной комнате. В это время Володя и Павел решают прорваться за ограждение, хотя эта затея не сулит ничего хорошего. Виктор отказывается доверять Ларисе в одном очень важном деле. А между тем, Мите снится вещий сон.

Обитатели школы-пансиона «Логос» в очередной раз переживают тяжелую потерю. Лариса решает проследить за Полиной. Рома находит понимание у одного из своих бывших друзей. Сама того не зная, Лиза наживает себе опасных врагов.

Ситуация в школе критическая. Лариса узнает все больше о деятельности «Ингрид». Морозов отдает приказ одному из своих агентов убрать Ларису. Виктор не теряет надежды найти под завалом Ирину Исаеву и Надю.

Виктор находит Ларису без сознания. Ребята решают самостоятельно добраться до объекта, который Раубер ищет в подземелье. Харитонов отправляется на встречу с Морозовым. Одна из важных находок Дениса и Лили оказывается под угрозой уничтожения. Тем временем из школы похищают Игорька.

Взрослым удается добраться до грузового люка. Войтевич вступает в схватку с Морозовым. Болезнь Максима стремительно прогрессирует, и ему неожиданно становится плохо. Раубер встречается с одним из своих не рассекреченных агентов, который все это время находился в школе. Ребятам удается разгадать все загадки. «Логос» окутывает дымовая завеса.

Ребята уже два дня разыскивают Андрея. Максим находится при смерти. Раубер отдает приказ о зачистке школьной территории. Военные готовы ворваться в «Логос». Тем временем взрослые решают эвакуировать детей и сжечь школу. Однако далеко не всем суждено дойти до конца.