Сезон 1

На Земле проходят президентские выборы, а в это время флот нарнов атакует сельскохозяйственную колонию центавриан Рагеш III. Нарнский посол на станции «Вавилон-5», Г'Кар, отрицая факт нападения все же позволяет себе рассуждать с командором Джеффри Синклером о том, что всех центавриан необходимо уничтожить.

Из гиперпространства прямо на «Вавилон-5» вылетает неизвестный неуправляемый корабль. Капитану Джеффри Синклеру с трудом удается перехватить его. Пилота корабля отправляют в медицинский отсек, который только что возглавил доктор Стивен Франклин. Деленн вызывается помочь понять, кто же находился на корабле, но при первом взгляде на пришельца приходит в ярость. «Шактот! Шактот!» — кричит она. Деленн требует от Синклера убить пришельца.

Между Нарном и Центавром проходят переговоры о статусе сектора Ефрата, однако Лондо Моллари всячески их затягивает, проводя при этом время в обществе прекрасной танцовщицы Адиры Тери. Он не знает, что девушка является собственностью инопланетянина Тракиса, который с ее помощью хочет получить файлы семьи Моллари с компроматом на аристократические роды Центавра с целью последующей перепродажи их нарнам. Однажды Адира опаивает Лондо и получает доступ к его компьютеру, но когда приходит время отдать материалы Тракису, девушка предпочитает бежать.

К доктору Франклину приезжает его бывший профессор Вэнс Хендрикс. Тем временем, его помощник Нельсон Дрейк провозит на станцию контрабандный груз, при этом он убивает охранника. Вэнс дает Франклину странный контейнер и просит сделать биологический анализ содержимого. Это было найдено на планете Икара-VII. Выясняется, что это образец органотехнологии, на основе которой сделаны корабли ворлонцев. Стивен соглашается помочь.

На станции происходит фестиваль, во время которого представили разных цивилизаций могут продемонстрировать свои религиозные верования. Лондо Моллари устраивает настоящую попойку, а Деленн при помощи вновь прибывшего помощника Ленньера медитативную церемонию.

На «Вавилон-5» нелегально проникает телепат Джейсон Айронхарт, в прошлом учитель и возлюбленный Талии Винтерс. Затем с целью его поимки на станцию прибывают представители пси-надзора Бестер и его помощница Келси. Однако Айронхарт возводит вокруг себя энергетический барьер, через который с его разрешения проходят сперва Талия, а затем и командор Джеффри Синклер.

Атмосфера на станции становится весьма напряженной — некие террористы, предположительно принадлежащие к группировке «Земная гвардия», совершают несколько нападений на инопланетян. В том числе на минбарскую сказительницу Шаал Майян, которая выживает, но получает клеймо на лбу, а такде на молодых центавриан Кирон Мерей и Арью Тенсус, причем юноша получает тяжелые травмы. Деленн требует от Синклера решительных мер, а Г'Кар угрожает со своей стороны ответным ударом.

На станцию прибывают двое неизвестных, целью которых является узнать, что произошло с Джеффри Синклером в то время, когда его корабль сутки отсутствовал на радарах. Они похищают командора и при помощи генератора гиперполя и психотропных средств пытаются активизировать его воспоминания.

На «Вавилон-5» на минбарском корабле прибывает таинственная женщина, при первом появлении которой помощница Г'Кара На'Тот пытается ее убить. В результате путешественница оказывается в медицинском отсеке. Постепенно выясняется, что это Джа'дур — последняя представительница дилгар, великий ученый и куда более известная военная преступница — по ее приказу уничтожалось население целых планет и рас. Джа'дур одета в мундир минбарской касты воинов — оказывается, после войны с землянами, именно представители этой касты скрывали военную преступницу.

На корабле оказывается семья представителей неизвестной расы, мальчик-подросток который тяжело болен. Доктор Стивен Франклин выясняет, что помочь ситуации может несложная операция, однако согласно религиозным верованиям пришельцев нельзя нарушать целостность кожных покровов, так как это приводит к потери души. Обе стороны категорично стоят на своих позициях. Джеффри Синклер решает уважать интересы пришельцев, однако Франклин решает сделать операцию на свой страх и риск. Мальчик выздоравливает, однако для родителей он уже не является их сыном, и они умерщвляют его — причем не несут никакой ответственности за убийство при отягчающих обстоятельствах (ритуальный характер).

На «Вавилоне-5» ожидается визит президента земного Содружества Луиса Сантьяго, во время которого предстоит передача станции новых истребителей, а также провозглашение политики большей открытости по отношению к неземным цивилизациям. И в этот самый момент в одном из доков происходит взрыв. Рабочий Нолан, пострадавший при аварии, сообщает перед смертью, что бомбу заложил Гарибальди. За расследование берется сотрудница службы президентской безопасности майор Лайяна Кеммер. Когда-то ее отец, пилот Фрэнк Кеммер, был другом Гарибальди, но противники Майкла подстроили взрыв на взлетной полосе, во время которого летчик погиб, что было приписано халатности службы безопасности. Майкл же вместо выяснения обстоятельств дела предпочел прятать свое горе в бутылке. Теперь у дочери покойного есть горячее желание поквитаться с пьяницей «дядей Майком».

На станции складывается непростая ситуация с разгрузкой транспортных кораблей. Из-за ошибки компьютера в аварию попадает нарнский транспортник «Талквид». При этом погибают двое докеров. Для реконструкции станции требуются дополнительные средства, однако земной сенатор Хидоши заявляет, что уже выделенного достаточно. Докеры в свою очередь начинают забастовку.

Среда, 3 августа 2258 года. Пираты активизируют свою деятельность и нападают на транспорты от «Вавилона-5». Тем временем на станции появляется странный человек — Морден, который встречается с послами и задает всем один и тот же вопрос: «Что вы хотите?». Г'Кар считает эту беседу бредом, Деленн становится плохо во время встречи, и она понимает, что на станцию пришли враги. С Кошем Морден сам избегает контактов, а Лондо Моллари дает ответ, удовлетворяющий незнакомца.

На станцию прибывают боксер Уолкер Смит и рабби Йосеф Козлов. Первый, старый знакомый Майкла Гарибальди, пытается сделать карьеру в боях мутай, до которых пока землян не допускали. Второй, старый друг отца Сьюзен Ивановой, приехал, чтобы вместе с капитан-лейтенантом отсидеть шиву.

Бывший монтажник Томас Джордан (по прозвищу Чума) оказывается в непростой ситуации — гангстер Десмонд Музыченко (по прозвищу Козырь) требует или информации по устройству станции, или выплаты огромной суммы денег. В качестве подтверждения серьезности своих намерений, бандит демонстрирует как людей, несогласных с ним, отдают существу, похожему на посла Коша, после чего у тех развивается мозговой коллапс.

На станцию прибывают военный дознаватель полковник Ари Бен Зейн и телепат Харриман Грей, в задачи которых входит проверка персонала «Вавилона-5» на предмет лояльности к Земле. Эта служба имеет неофициальное название «Глаза». При этом Харриман достаточно либерален и пытается наладить общение со Сьюзен Ивановой, тогда как полковник ведет себя достаточно агрессивно.

На рейде «Вавилона-5» останавливается военный крейсер Минбара «Ингата», которым командует член клана звездных рыцарей алит Нерун. Его миссия — выставить на станции для прощания тело великого минбарского военачальника (шай-алита) Браннера. Однако непосредственно перед церемонией выясняется, что тело исчезло.

Необычная сейсмическая активность на планете, вокруг которой вращается станция, а также голографические призывы о помощи к руководству станции заставляют отправить на планету экспедицию, которая обнаруживает там машину невероятной силы. Драал остается на планете управлять машиной вместо умирающего предыдущего хранителя машины. Беспорядки на Марсе заставляют Гарибальди вспомнить свою давнюю любовь и пообщаться с ней снова.

Синклер дает сразу две битвы с инопланетными завоевателями, посягнувшими на планету возле станции, а капитан Земных Сил не согласен с ним в оценке ситуации.

«Вавилон-4» появляется четыре года спустя после своего исчезновения и просит помощи. После эвакуации со станции всего персонала «Вавилон-4» исчезает вновь.

Работая на нижних уровнях, доктор Стивен Франклин узнает о Лоре Розен, которая лечит людей при помощи инопланетного аппарата. Изучив ситуацию, доктор узнает, что Лора не шарлатан, а дипломированный врач, карьера которого прервалась в результате трагической ошибки. А сам же аппарат — инопланетное орудие казни, передающее жизненную энергию от одного существа другому. Сама же целительница тяжело больна и желает использовать остаток жизни для помощи окружающим.

30 декабря 2258 года. Предновогоднее ожидание. Джеффри Синклер делает предложение Кэтрин Сакай. Неожиданно погибает информатор Гарибальди Петров. Однако полученная информация заставяет Майкла лично начать расследование. Тем временем нарастает напряженность между Нарном и Центавром в квадрате 37. Однако посла Лондо Моллари неожиданно приглашает на встречу Морден. Он обещает решить проблему.