Сезон 3

Во время завершения боя с неизвестным врагом Тир и Бека застряли в другом изменении и вскоре после этого вернулись на Андромеду. Однако их поведение было странным, что вызвало подозрения у экипажа. Но хуже всего стало тогда, когда Харпер обнаружил излучение, исходящее из тоннеля, заставившее Тира и Беку устроить бунт на корабле.

На корабль прибыл курьер Содружества и вместе с различными безделушками он доставил на корабль письмо Дилану, в котором говорилось что-то секретное. Взяв собой Харпера, он отправился к человеку, чье имя было указано в письме, однако по прибытию он обнаружил его труп, он был обвинен в убийстве и отправлен в тюрьму. Тот, кто подставил его, помог бежать, и все это было лишь началом плана по сбору одного артефакта.

С планеты Галлапрон, которую еще ни кто не покидал сам, сбежал корабль, на борту которого были порабощенные шахтеры. Андромеда спасла, но вместо благодарности, спасенные начали вести себя весьма не адекватно, а вскоре и совсем обезумели, захватив корабль. Как оказалось, на планете над ними ставили опыты, и тот, чьих это было рук дело, находиться среди рабочих.

Правительство Содружества попросило Андромеду сопроводить их кандидата на выборы, и этим кандидатом оказался любимый дядюшка Беки, который не так давно пытался ее убить. Осознав необратимость, капитан Валентайн смирилась, и именно в этот момент на ее дядю было совершено покушение, в результате которого кандидат Содружества чуть не погиб.

Эврика, на борту которой находились Тир, Харпер и Дилан, подверглась атаке Ораги и была спасена старым научным кораблем людей, который покинул Землю для изучения космоса более трех тысяч лет назад. Его двигатель не может прыгать, однако способен ускоряться на столько, что время снаружи течет на много быстрее. Единственной проблемой стал тот факт, что Беллерафон улетел далеко, и время полета до ближайшего мира Содружества вне корабля составляло полвека.

Андромеду догнала ударная волна, вызванная взрывом в ближайшей системе бомбы класса «нова». Оказалось, что один из самых бедных миров не входящих в Содружество получил технологию постройки этих ракет, и спонсоры этого производства начали использовать их в своих целях. Это стало угрозой всему живому, и чтобы избавиться от нее Дилан решил нанести удар в самый центр вражеской территории.

Дилан получил послание, в котором его старый друг, кандидат на место первого Триумвира, попросил его помочь найти человека, который должен вскоре его убить. Согласившись никому ничего не рассказывать, Хант отправился на поиски убийцы по имени Прокаженный, но вместо него он нашел его сестру, которая так же стремиться лишить Прокаженного жизни.

Вместе с Эврикой с планеты на корабль попало странное насекомое. В результате того, что оно начало размножаться и пожирать корабль, была запущена какая-то программа, в результате которой на Андромеде появился призрак одного из старых членов экипажа. И мало того, что он начал выгонять новый экипаж с корабля, так еще и Андромеда стала обедом для размножающихся насекомых.

На Андромеде появился воин-фантом в доспехах и атаковал Дилана, а после поражения, он просто рассыпался на миниатюрные части. В это время с корабля успел улизнуть Тир. Как оказалось, он полетел на встречу к девушке, чье послание дошло до него неизвестно откуда. Но как только Дилан собрался начать поиски члена своего экипажа, на корабль тайком прибыл человек, который являлся не только гениальный ученым, но и мужем девушки, отправившей послания.

В альтернативной реальности Гэхерис Рэйд убил Дилана Ханта и начал выполнять миссию по восстановлению Содружества сам, однако, у него это получалось не так хорошо, как у капитана Ханта и в конечном итоге, все основные события повторялись, однако большенство его друзей погибли. Когда на корабле появились Бека и Трэнс из плохого будущего, Рэйд должен был принял решение, которое вновь изменит прошлое, и лишь Трэнс смогла переубедить его.

На корабле начали происходить странные события, в том числе появление каких-то затягивающих воронок. В это же время на корабль начали поступать сообщения о появлении ницшеанцев и магогов на планетах, которые появлялись и исчезали очень быстро, а вскоре после этого недалеко от Андромеды появилось несколько пустых кораблей лишенных основного источника питания. Из одной из воронок на Андромеде появились старые знакомые из другого измерения и захватили Ромми для того, чтобы сделать из нее батарейку.

На корабль в очередной раз прибыл инопланетный воин неизвестно происхождения, и в очередной раз Трэнс не смогла спасти Андромеду и экипаж. С каждым новым повтором ситуация повторялась и даже принеся в жертву Харпера она ничего не смогла изменить. Вариантов будущего с каждым разом оставалось все меньше, а выхода она так и не видела.

Эврика прибыла на запуск первого корабля построенного силами нового Содружества, однако на судне случился саботаж, в результате которого корабль был уничтожен. Корабль Беки начал спасательную операцию, образовав вокруг него сеть из спасательных капсул, в результате чего большая часть спасшегося экипажа оказалась на борту. И все бы ничего, если бы ницшеанцы не винили людей, а те в свою очередь их в уничтожении корабля.

Андромеда прибыла на планету Вэрас, мир, где царит полный контроль правды, для того, чтобы Бека выступила во время суда. Но что-то пошло не так, и все сказанное ее было не правдой и в результате закончилось побегом Валентайн вместе с обвиняемым с планеты. Это заставило забеспокоиться не только власти планеты Вэрас, но и агентов Технокора,с чьей информацией в голове сбежал друг Беки.

Андромеда поймала сигнал преподобного Бэма, в котором говорится, что он сбился с пути и  погибнет вместе с умирающим миром. Причина, по которой гибнет мир, перерождающееся солнце. Дабы спасти своего друга, часть экипажа отправилась на планету, дабы его спасти, однако вместе с ними туда прибыли и марадеры.

Перийцы разместили на планете атмосферные генераторы, вырабатывающие метан, совершенно наплевав на колонистов. Уничтожив их, Андромеда столкнулась с перийским флотом прибывшим в систему. Вскоре после этого в систему прибыли корабли Звездной Гвардии. Не сумев договориться, силы Содружества начали бой за планету, которая так была нужна перийцам, и эта важность подтвердилась появлением их кораблей в различных системах Содружества.

Андромеда начала получать странные сигналы из пределов неисследованного космоса, а Дилан начал слышать женский голос, который звал его. Любопытство привело корабль к замерзшей планете, где находится легендарный небесный свод и древня я раса, которая в любой момент может умереть, если не найдет того, кто продолжит их род.

Дабы найти древний спутник с картами, Хант, Бека и Тир отправились на планету, жители которой и не подозревают о существовании жизни за пределами планеты. Во время поисков, они установили контакт с несколькими местными жителями. И в то время, как Хант и Бека искали с ними спутник, Тир разговаривал с захваченным во время недавнего боя ницшеанцем.

Во время неудачного прыжка Андромеда попала в звездную систему с огромным количеством гравитационных изменений и энергетических аномалий. Сенсоры не работали, а оружие могло взорвать всю систему, но, не смотря на это, Дилан решил спасти женщину в капсуле. Она оказалась принцессой местного королевства, затем богиней какого-то культа и в конце преступницей, обокравшей государственную казну.

Во время боя с дженайтами на помощь Ханту пришли храмовники. Вскоре после этого они уже совместно с ними Дилан захватил станцию дженайтев, где разрабатывался генетический вирус, способный уничтожать целые виды. Однако не все было так просто, и целью храмовников было не уничтожение вируса, а его захват и использование против ницшеанцев, и имея этого принадлежала адмиралу Старк.

Из доков Звездной Гвардии был угнан корабль Решимость Гектора. Он уничтожил недостроенные корабли и покинул систему, и все это было сделано под командованием обезумившей Ромми. Дабы спасти корабль, Дилан временно заменил интеллект Андромеды, на разум Гнева Ахилла. И в то время, как Тир подделал свое ДНК и начал собирать ницшеанские силы для войны, в Ромми возродилась личность Весов  Правосудия.

В то время как от Содружества пришло сообщение о начале сбора флота ницшеанцев, пятнадцатую палубу Андромеды захватили вражеские солдаты. После переговоров, они получили то, чего хотели, а именно Эврику и останки Драго Мусовени. После их отлета на Андромеде случился саботаж, Тир улетел, а флот Содружества попал в западню устроенную ницшеанцами. Однако все пошло не так и во время боя с силами Звездной Гвардии охотники сами стали жертвами.