Сезон 3

Лекс Лютор пытается бежать из тюрьмы, ему помогает Ключ и приводит его к горилле Гродду, который организовал новую команду суперзлодеев — Тайное Общество. Гродд обещает Лютору последний осколок Брейниака в обмен на участие в организации. Вновь слиться с Брениаком стало для Лекса навязчивой идее, ведь это путь к всемогуществу. Лютор берет с собой Ключа и Доктора Полариса и отправляется на выполнение первого задания за копьем на остров, полный смертельных ловушек. Там его встречает Орлица, Флэш и старый солдат, который служил когда-то на острове. Но им не удается остановить Лекса Лютора.

Археолог Картер Холл уже давно следит за Орлицей. В Египте, где он работал большую часть времени, им были сделаны большие открытия. Бэтмен и Джон Стюарт пытаются уговорить Орлицу не ходить с ним на свидание и уж тем более не ездить на место раскопок в гробницу. Шаера их не слушает. Картер признаётся Орлице в том, что они реинкарнация любовников с Танагара, явившихся на землю 8 тысяч лет назад.

Некоторые члены Лиги Справедливости были на выполнении задания, после чего чудом попали в загадочный город в центре земли под названием Скартерос. Старгёрл и Супергёрл всё время ссорились. Но, попав в город, Супергёрл теряет свою силу, и Старгёрл приходится её защищать. Жители города во главе с Морганом просят помощи у супергероев, так как их армии не достаточно, чтобы защитить великий магический камень-криптонит гигантского размера, который сокрыт в горах. Колдун Деймос охотится за ним и помощь ему оказывают Серебряная Банши и Металло. После победы над колдуном Лига пытается выяснить для чего им нужен был камень, но Металло не успевает рассказать, так как кто-то, телепатически воздействуя, заставляет его замолчать. Лига Справедливости, с согласия Моргана, навсегда запечатывают вход-портал в город.

Из-за глобального потепления началось таяние ледников, что помогло людям отыскать корабль викингов. Гродд тем временем с Лексом Лютором и их командой злодеев строят планы как захватить этот корабль и узнать тайну бессмертия принца викингов, замерзшего на судне. Дж’онн Дж’онзз телепатически подключается к подсознанию Гиганты, но она теряет сознание прежде, чам марсианин получает достаточное количество информации. То же самое ранее было и с Металло. Лига выигрывает эту схватку и отправляет корабль на Солнце. Марсианский охотник уходит на неопределённое время из Лиги Справедливости и собирается в человеческом обличии жить среди людей, пока не найдёт способа приобщиться к человечеству и узнать то, что ему нужно. Стихи про "мучительную быль", которые читает Диана, косвенно доказывают, что скорее всего он ушёл искать новую любовь и создавать новую семью. Его уход - скорбная плата Лиге Справедливости, выражение невозможности повторно обрести счастье в чужом для себя мире.

В Централ Сити знаметательный день для Флэша. Открытие музея его имени. И именно в этот день четвёрка злодеев, давно точившая зуб на Флэша, намеревается его убить. Что только не придумывают Трикстер, Капитан Бумеранг, Капитан Холод и Зеркальщик. Флэшу все равно удается победить их всех. Не без помощи Бэтмена и Ориона.

Бостон Бэнд или Мертвец появляется в Нанде Парбэт для того, чтобы узнать у своего учителя, что ему нужно сделать, чтобы его душа очистилась. Но в этот момент приходит команда злодеев Гродда и они крадут Сердце Нанды Парбэт. Сразу после этого они направляются в Город Горилл, чтобы осуществить задуманное Гроддом. Но Мертвец находит Лигу Справедливости и просит их помочь. Лига отправляется в Город Горилл на помощь и срывает план Гродда. Лекс Лютор выстрелом лишает Гродда сознания и встаёт во главе их преступной группировки. Но после убийства Мертвецом злодея в мире больше нет баланса. И поэтому душа Бостона Бэнда ещё должна оставаться на земле.

Генерал Айленг после увольнения из Кадмуса всё ещё не верит Лиге Справедливости и пытается переубедить Аманду Уоллер и доказать, что нужно защитить людей от Лиги. Но Аманда теперь на стороне добра и полностью доверяет Лиге. Отчаявшись, Айленг проникает на станцию Кадмуса и крадет секретное оружие — пробирку с жидкостью, которая дает человеку суперсилу. В день праздничного шествия по городу во имя Супермена уже сильно изменившийся генерал нападает на демонстрантов Лиги Справедливости. Он убеждён, что простых людей нужно защитить от тех, кто наделен нечеловеческой силой. Ряд героев безуспешно сражается с ним и терпит поражение, но ирония ситуации заключается в том, что все противостоявшие ему, были из числа тех, кто суперсилой не обладает. И тогда своё слово говорит народ — «Сколько нас должно погибнуть, чтобы мы, наконец, были в безопасности?». Айленг признает идейное поражение и уходит.

В результате двух психико-технологических экспериментов, одновременно проводимых в штабе Лиги и в логове синдиката, Лекс Лютор и Флэш меняются телами. Используя способности Флэша, Лекс начинает незамедлительно громить штаб Лиги, в то время как Флэш в его теле старается проявлять находчивость и некоторое время остаётся на базе злодеев неузнанным.

Рулетка — хозяйка клуба боев без правил — обращается к Лексу с просьбой выделить ей новых бойцов для ринга. Лекс не просто соглашается, он взламывает часть передатчиков Лиги и гипнотизирует ряд женщин-героев, заставляя их против воли принимать участие в ужасном чемпионате.

Супергёрл, Фонарь и Зелёная Стрела попадают в будущее, где становятся невольными участниками противостояния героев того времени. Они встречают юного Брейниака 5, являющегося потомком известного антогониста, однако он — положительный герой. Их миссию омрачает знание об архивной записи, в которой говорится, что только двое из трех героев вернулись. Восстановив справедливость, Стрела и Фонарь возвращаются в своё время, но Кара влюбляется в Брейниака и остается с ним в будущем.

Джон Стюарт снова встречает Ястреба, это становится поводом для беспокойства, что он и дальше будет преследовать Шаиру, о чём он её и предупреждает. Однако вскоре беда приходит, откуда не ждали — Джона атакует и похищает неизвестный ранее противник, наполовину плотная тень, кажущаяся неуязвимой. Затем он также пленит Шаеру и Ястреба и заставляет их всех прикоснуться к танагорианскому устройству Обсорбокрон, который ему удалось спасти при разрушении святыни. Прикоснувшись, они все узнают, что случилось 8000 лет назад.

Лекс Лютор по-прежнему безуспешно пытается восстановить Брейниака, чтобы соединиться с ним и стать божеством. Очевидно, что последний осколок испортил Гродд, однако, с помощью Талы, Лекс узнает, что есть и другие части, но находятся они в далеком космосе, в секторе, близкому к планете Апокалипсис (отсылка к событиям начала 2 сезона Justice League). Он перестраивает базу в космический корабль и отправляется к месту поисков. Однако космические планы Лекса сильно беспокоят команду. Что будет с ними и Землей, когда он получит абсолютную силу? Тала освобождает Гродда, и на корабле происходит бунт под его предводительством, общество злодеев разделяется на две группы. В результате сражения побеждает сторона Лютора, Гродд погибает, будучи выброшенным в открытый космос, а также погибает половина злодеев.

Объединённая команда героев и злодеев вместе борется против армии Апокалипсиса, вторгшейся на Землю. Супермен сражается с Дарксайдом лично. В битве принимает участие марсианин Дж’онн, не появлявшийся в Лиге долгое время. Тем временем, загадочный странник Метрон провожает Лекса в тонкую реальность к стене знаний, откуда тот возвращается с единственным, в чём нуждается Дарксайд — Уравнение антижизни. Лютор передает Уравнение Дарксайду, и оба они исчезают, после чего армия агрессоров начинает отступать. Таким образом члены Лиги Справедливости не были причастны к исчезновению Лекса Лютора и не уподобились ему, в отличии от своих двойников Лордов Правосудия. Герои выражают сомнение, что оба антагониста погибли, и готовы однажды встретить их вновь. В благодарность за помощь злодеям дают 5 минут на то, чтобы уйти.