Сезон 3

50032.7 Доктор — единственная надежда возвратить «Вояджер» исконным владельцам, которые сейчас пытаются выжить на дикой планете, на которую их высадили кейзоны. Поскольку Доктор является полностью виртуальным, его не так-то просто убрать с корабля. Ему помогает Садер, которому удалось скрыться от кейзонов.

50126.4 Тувок просит Джейнвэй помочь ему справиться с проблемой личного характера. Для этого, слив разумы, они отправляются бродить по памяти Тувока и попадают на борт «Эксельсиора», под командованием капитана Сулу. Оказывается, что Тувок заразился от умирающего члена команды паразитом, скрывающимся среди энграмм подавляемых воспоминаний.

50156.2 Том Пэрис и Гарри Ким обвинены в терроризме и отправлены в тюрьму. Заключённых никогда не отпускают, к тому же заключённым имплантируют устройство, вызывающее агрессию. «Вояджер» отправляется на поиски тюрьмы.

50252.3 «Вояджер» пересекает область Галактики, которую контролирует раса, известная как Рой. Как только какой-либо корабль пересекает эту область космоса, его тут же уничтожают корабли Роя. Некоторое время «Вояджер» пересекает космос незамеченным, но затем его засекают и атакуют… Тем временем программа Доктора даёт сбой. У него только 1500 часов, чтобы перезагрузиться (тогда весь его накопленный опыт будет утерян безвозвратно) либо быть починенным на станции, расположенной в другом конце Галактики. Тогда Экстренная Диагностическая Программа (ЭДП) жертвует собой, чтобы спасти Доктора.

50074.3 «Вояджер» обнаруживает планету, где двое случайно попавших сюда через червоточину ференги выдают себя за мудрецов из мифологии местных жителей и обкрадывают их. Ниликс выдал себя за святого паломника, который, согласно мифу, должен был забрать мудрецов. Тогда местные жители отправили всех троих на костёр. «Вояджер» телепортировал их на борт. Ференги попытались вернуться, чтобы захватить с планеты «прибыль», но дестабилизировали червоточину и были затянуты обратно в Альфа-квадрант.

50203.1 «Вояджер» перевозит телепатическую расу к своим родным. К Б’Еланне Торрес приходят телепатические видения от одной из пассажирок о совершённом много лет назад геноциде.

50063.2 Кес находится в коме после прохождения через энергетическое поле в святилище расы никан. Джейнвэй обращается к помощи монахов, а Доктор пытается найти лекарство.

50063.2 Капитан Брэкстон из 29 века предстаёт перед «Вояджером», говорит, что «Вояджер» станет причиной уничтожения Солнечной системы, и пытается его уничтожить. При этом оба корабля оказываются на Земле в XX веке. Выясняется, что причиной катастрофы в будущем стал Генри Старлинг, завладевший технологией с корабля Брэкстона и ставший, в частности, производителем микропроцессоров для компьютеров. Старлинг выкрадывает с «Вояджера» бо́льшую часть информации вместе с Доктором.

Доктор получает мобильный голографический излучатель по технологии 29 века. При попытки отправиться в будущее Старлинга уничтожают выстрелом с «Вояджера». Другой корабль из будущего переносит «Вояджер» обратно в Дельта-квадрант в 24 век.

50348.1 «Вояджер» подбирает трёх пассажиров с терпящего аварию корабля. Один из них, 200-летний диктатор, завладевает телом Кес.

50384.2 Кью развязывают гражданскую войну, в результате чего вокруг «Вояджера» образуются сверхновые. Один из Кью предлагает Джейнвэй стать матерью его ребёнка.

50425.1 «Вояджер» получает сообщение о вспышке вирусной инфекции в колонии гаран. Джейнвэй и Ниликс, вернувшиеся на «Вояджер» с дипломатической миссии к расе так-так, обнаруживают на борту гигантских паразитов… Так-так собираются уничтожить «Вояджер» как носитель инфекции, но к этому времени уже разработан противовирусный препарат.

«Вояджер» подходит к границе известной Ниликсу области. Друг Ниликса с его помощью пытается передать на близлежащую космическую станцию контрабандный груз.

50460.3 «Вояджер» изучает инверсию туманности, которая остаётся стабильной несколько веков, хотя обычно инверсии туманностей выгорают за несколько лет. Тем временем Тувок становится объектом внимания персонажа голо-палубы.

50518.6 Джейнвэй, как представляется, оказывается в ловушке цикла времени с различными событиями, но все заканчиваются её смертью.

50537.2 У вулканца Ворика наступает пон фарр, и он «передаёт» его Б’Еланне. На очередной планете обнаруживаются останки цивилизации, уничтоженной Борг.

50614.2 «Вояджер» обнаруживает куб Борг, повреждённый электромагнитной бурей, и планету, населённую бывшими дронами.

50693.2 Доктор пытается улучшить свою личность за счёт включения личностей известных людей. Негативные черты этих личностей образовали вторую альтернативную личность Доктора.

«Вояджер» спасает планету от астероидной опасности. Астероиды, как выясняется, были целенаправленно нацелены на планету.

50732.4 Гарри Ким выясняет, что он с планеты Терезия. По словам терезианцев, он в виде эмбриона был отправлен на Землю. На Терезии 90 % населения планеты составляют женщины. Доктор выясняет, что ДНК терезианца появилось в теле Кима совсем недавно, вероятно, в результате заражения вирусом.

Доктор пытается продлить жизнь Кес с помощью экспериментальной методики. В результате Кес начинает путешествовать назад во времени.

50836.2 «Вояджер» обнаруживает подпространственные штормы. Доктор создал себе виртуальную семью.

Двое палеонтологов находят останки члена экипажа «Вояджера» и обнаруживают, что он находится в дальнем родстве с ними. Они проникают на «Вояджер», но их обнаруживают и выясняют, что эти существа — потомки земных гадрозавров.

50912.4 Члены команды исчезают один за другим, а на их месте появляются инопланетяне. Постепенно оставшиеся члены команды понимают, что это — вторжение, а перемещённые члены команды пытаются вернуть себе «Вояджер».

50953.4 Б’Еланна обнаруживает голопрограмму, инсценирующую бунт «Маки». Программа становится очень популярной у команды, но она не закончена. Когда Тувок — автор программы — и Пэрис пытаются дописать симуляцию, они неожиданно становятся пленниками голографической копии Сески, которая отключает протоколы безопасности и пытается убить своих пленников.

50984.3 «Вояджер» вплотную подходит к территории Борг и обнаруживает полосу пространства, где нет кораблей Борг нет. Здесь «Вояджер» обнаруживает Вид 8472, клетки которого попадают в тело Гарри Кима и начинают поглощать его заживо. Доктор создаёт лекарство. Одноместные живые корабли Вида 8472 оказались опаснее кубов Борг. Джейнвэй предлагает Борг объединиться против вида 8472.