Сезон 2

Наруто встречает таинственного отшельника-извращенца Дзирайю и просит его стать своим учителем вместо Эбису.

Хаятэ Гэкко становится свидетелем переговоров Баки из Селения Песка и Кабуто о будущем вторжении Коноху, но не успев передать информацию другим, погибает от их рук. Дзирайя начинает учить Наруто технике призыва.

В то время как Наруто продолжает тренироваться, Ино и Сакура идут в больницу навестить Саскэ, но там его не оказывается.

Наруто удаётся использовать чакру Девятихвостого для осуществления техники призыва.

Наруто призывает короля жаб Гамабунту. Баки объясняет ниндзя Песка план нападения на Коноху.

Наруто и Сикамару решают навестить Рок Ли и в его палате сталкиваются с Гаарой, пытающегося напасть на их друга. Лишь вмешательство Гая позволяет предотвратить трагедию.

Начинается финальное испытание экзаменов для повышении до уровня тюнина. По дороге к арене Наруто встречает Конохамару, который предлагает срезать путь. Проходя через ложные секретные ходы, двое теряются в городе и Наруто опаздывает к началу испытания, рискуя быть дисквалифицированным.

Начинается бой между Наруто и Нэдзи.

Бой продолжается. Несмотря на то, что Наруто прилагает все свои усилия, ему не удаётся даже задеть Нэдзи, который применяет технику абсолютной защиты (Кайтэн).

Нэдзи удается временно блокировать способность Наруто использовать свою чакру, и Удзумаки использует чакру Девятихвостого.

Проиграв, Нэдзи читает письмо от своего отца и узнает правду о клане Хюга. В это время все ждут Саскэ, который всё не появляется. Кадзэкагэ убеждает Сарутоби отложить поединок Саскэ и Гаары. Канкуро отказывается от поединка с Сино и на следующий бой вызывают Сикамару и Тэмари.

Битва между Сикамару и Тэмари. Практически одержав победу, Сикамару, тем не менее, сдаётся.

Наруто сердится на Сикамару за его поступок. Саскэ появляется в самый последний момент (как выясняется, всё это время он тренировался с Какаси).

Саскэ начинает бой против Гаары.

Саскэ удаётся пробить абсолютную защиту Гаары с помощью техники Тидори. Внезапно большинство зрителей на стадионе засыпает.

Ниндзя Песка и Звука атакуют деревню Листвы. Гаару уводят, чтобы он смог восстановить свою чакру. Оротимару, всё это время скрывавшийся под личиной Кадзэкагэ, нападает на Сарутоби.

Саскэ преследует Гаару. Сакура, Сикамару и Наруто отправляются на помощь Саскэ. Оротимару с помощью запретной техники воскрешает Первого и Второго Хокагэ.

Сикамару решает устроить ловушку для ниндзя Звука.

Первый и Второй Хокагэ сражаются против Третьего.

Сакура и Наруто продолжают поиски Саскэ. Саскэ догоняет Канкуро, Тэмари и Гаару.

Третий Хокагэ пытается использовать технику демонической печати, заключающую душу в теле Бога Смерти, против Первого и второго Хокагэ и Оротимару. Сино приходит на помощь Саскэ в борьбе с Канкуро.

Саскэ начинает поединок с Гаарой, который постепенно преобразуется в демона Сюкаку. Сино побеждает Канкуро.

Саскэ продолжает бой с Гаарой.

Наруто и Сакура приходят на помощь Саскэ. Гаара вспоминает своё несчастливое детство: любимый дядя нападает на него, скрываясь под маской.

Наруто начинает сражение с Гаарой. Гаара продолжает трансформироваться в демона. Гаара снова вспоминает детство.

Наруто придумывает на ходу новые комбинации техник. Гаара преобразуется в конечную форму демона Песка. Наруто призывает на помощь Гамабунту.

Наруто превращается в Девятихвостого, и пытается разбудить Гаару чтобы тот подавил волю Сюкаку. Синоби Конохи атакуют ниндзя селений Песка и Звука. Сарутоби, ценой своей жизни, накладывает Печать Бога Смерти на руки Оротимару, которые после этого становятся практически недееспособными. Саннину удаётся скрыться.

Селения Песка и Звука покидают Коноху. На следующий день жители Конохи хоронят Третьего Хокагэ.

Итати Утиха и Кисамэ Хосигаки возвращаются в селение Листвы. Курэнай и Асума преграждают им путь. Дзирайе предлагают должность Хокагэ, но он отказывается, полагая, что для этого есть более подходящая кандидатура - Цунадэ.

Дзирайя вместе с Наруто отправляется на поиски Цунадэ. Какаси вступает в схватку с Итати, однако Утиха использует против него Цукуёми и с помощью иллюзий пытает Копирующего ниндзя. После появления ещё одного дзёнина, Майто Гая, члены Акацуки покидают деревню.

Дзирайя всеми силами пытается доказать Наруто, что помимо извращенца он еще и великий ниндзя. Саскэ узнаёт, что Итати был в деревне и отправляется на его поиски. Итати и Кисамэ обнаруживают Наруто в гостинице.

Вставка воспоминаний Саскэ о дне истребления клана. Мальчик находит старшего брата, однако Итачи быстро его обезвреживает.

Саскэ снова и снова безрезультатно пытается атаковать Итати, но тот, так же, как и в случае с Какаси, применяет против мальчика технику иллюзий. Появившийся Дзирайя заставляет Итачи и Кисамэ бежать.

Наруто и Дзирайя продолжают поиски Цунадэ с удвоенной силой - чтобы она вылечила пострадавших Саскэ и Какаси и останавливаются около того города, где в это время находилась Цунадэ. Саннин начинает обучать Наруто новой технике - Расэнгану.

Наруто пытается с помощью чакры взорвать шар с водой, а затем резиновый мячик, что является первым и вторым шагами в освоении новой техники.

Наруто продолжает работать над новой техникой.

Нашедшие Цунадэ и её помощницу Сидзунэ Кабуто и Оротимару предлагают ей вылечить пострадавшие руки Змеиного Саннина в обмен на оживление им её погибших жениха и брата Дана и Наваки.

Оротимару даёт Цунадэ неделю на раздумье. Наруто и Дзирайя наконец сами её находят. После того как она нелестно отзывается о звании лидера деревни, Наруто вызывает её на бой.

Наруто с треском проигрывает Цунадэ. Они заключают сделку: если Наруто освоит технику Расэнгана за неделю, она признает, что он может стать Хокагэ. А если нет, она отберет все его деньги. Цунадэ ставит на кон своё ожерелье, когда-то принадлежавшее её деду, Первому Хокагэ.

Последний день размышлений Цунадэ. Она лишает Дзирайю силы, напоив его, тем самым не дав ему вмешаться в то, что она задумала. Обессиленный тренировками Наруто, лишённый мощи Дзирайя и её помощница Сидзунэ оправляются остановить Цунадэ.

Под видом лечения Оротимару, Цунадэ нападает на него и Кабуто. На помощь проходят Дзирайя, Сидзунэ и Наруто.

Наруто, вопреки предостережениям Дзирайи, вступает в схватку с Кабуто и применяет против него Расэнган.

Наруто находится на грани жизни и смерти - Кабуто рассекает его сердце. Способности Цунадэ помогают ему восстановиться, пока Дзирайя и Оротимару сражались друг с другом.

Дзирайя призывает Гамабу́нту, Цунадэ - Ка́цую, а Оротимару - Ма́нду - животных, с каждым из которых у них заключён договор. Начинается общая битва Трёх Легендарных Саннинов. Побеждённый Оротимару вынужден сбежать вместе с Кабуто. Цунадэ, Сидзунэ, Дзирайя и Наруто отправляются в Коноху

На обратном пути герои останавливаются в небольшом городке. Наруто узнаёт, что два ниндзя, Сэнта и Бундзо, не могут вернуться домой до тех пор, пока Цунадэ не вернёт все долги семье Акаги, и решается им помочь. Сидзунэ, опасаясь, что долги Цунадэ могут помешать ей стать Хокагэ, выдаёт себя за неё чтобы остановить Наруто. Однако оказывается, что Цунадэ долг семье Акаги уже вернула.

Цунадэ возвращается в Коноху, однако её становлению в качестве Пятого Хокагэ противится Конохамару.

Конохамару заперся в комнате Третьего Хокагэ и не выходит несмотря на все «уговоры» Наруто. Цунадэ изучает книги деревни листьев, чтобы увеличить шансы Рок Ли при операции.

Гай и Рок Ли обсуждают будущую операцию и предаются воспоминаниям. Цунадэ вступает в должность Хокагэ.

Наруто, Сакура и Саскэ пытаются всеми усилиями увидеть лицо Какаси. В это время за ним охотятся три неизвестных ниндзя.

Команде №7 даётся задание защитить молодого человека, Идатэ, во время соревнований между представителями двух соперничающих кланов.

Во время одного из этапов соревнования, гонки на лодках, на Идатэ и команду №7 нападают ниндзя другого клана. В итоге выброшенный на берег Идатэ сталкивается лицом к лицу с главой нападавших - Аои Ракусё.

Члены команды №7 находят Идатэ. Аои временно отступает. Идатэ рассказывает о том, что когда-то сам был ниндзя Конохи.