Сезон 1

Тележурналистка Эйприл О'Нил вела репортаж о преступности в Нью-Йорке и случайно наткнулась на бандитов-панков, которые хотели убить её. Она очутилась в канализации, где её спасли от бандитов 4 странных существа. Позже она узнала, что это черепахи-мутанты, которые обучились искусству ниндзюцу. Это были Микеланджело, Донателло, Рафаэль и Леонардо. Историю черепашек рассказал их отец-наставник — мутант-крыса Сплинтер.

Эпизод, где появляется Ороку Саки, главный враг Сплинтера. Он дал себе прозвище Шреддер, оказалось, что это он вылил в канализацию мутаген, из-за чего черепашки стали большими. Он предпринял точно также превратить двух панков в животных-мутантов — бородавочника Бибопа и носорога Рокстеди. А затем он похитил Сплинтера, дабы заманить черепашек к себе в ловушку. Черепашки познакомятся со своим главным врагом...

Когда черепашки освободили Сплинтера и скрылись в канализации, Сплинтер думал, что наконец-то сможет отдохнуть. Но не тут-то было! Шреддер нанял себе в помощники сумасшедшего учёного Бакстера Стокмана, который создал роботов-маусеров, способных уничтожать крыс...

Шреддер решил послушаться своего друга Кренга из Измерения Икс. Он решается открыть портал в Измерение Икс и выпустить каменных воинов Кренга. Но вместе с ними попадают на Землю Нейтрины-подростки...

Шреддер выпустил каменных воинов, Кренг обрёл себе новое могучее тело, в то время черепашки с нейтринами попытались найти Технодром, поставив цель отправить пришельцев обратно в Измерение Икс и превратив Сплинтера вновь в человека.