Сезон 3

Черепахи узнают как сильно ослаб Сплинтер, он пострадал во время битвы с Шреддером.

Черепахи смотря тв-шоу узнают, что телеведущий изображает своих героев, как угрозу для общества. Черепахи воздерживаются публично очистить своё имя, чтобы победить Крэнга и его новое роботизированное оружие.

Ирма случайно становится гигантской, и её естественно неуклюжий характер делает её опасной для города. Черепахи и Эйприл О'Нил скрывают её и ищут лечение.

Гангстеры cметают весь антиквариат в городе. И когда они украли большую часть наших героев, Донателло и Эйприл выясняют причину. Может во всем виноват Шреддер?

Черепахи взлетают, когда Шредер изобретает устройство изменяющее гравитацию. Вскоре она распространяется на поверхности и влияет на весь Нью-Йорк.

Шреддер и Сплинтер меняются телами, когда устройство случайно активируется во время битвы между черепахами и их врагами. Шреддер планирует обмануть черепах и покончить с ними. Черепашки и Сплинтер пытаются заманить Шреддера, чтобы Сплинтер вернул своё тело.

В середине летней жары, кто-то разрушает все кондиционеры и захватывает все фреоны города. В то же время, Вернон и Берн ищут черепах, но находят что-то еще.

Мальчик по имени Зак изо всех сил старается помочь черепахам, но с некоторыми не так оптимальными результатами. В конце концов, он показал себя очень полезным для команды черепах.

Загадочный человек обитает в канализации, имеет возможность держать крыс под своим контролем. Может ли Сплинтер сопротивляться его силе, или он уничтожит черепах под воздействием крысиного короля?

Живой динозавр блуждает по городу и исчезает внезапно, черепахи следуют за ним, следы ведут в большое отверстие, где они обнаруживают шокирующие откровение: Земля, где бродят динозавры. Между тем Шреддер, Бибоп и Рокстеди здесь же пытаются собрать кристалл, необходимый для зарядки Технодрома Крэнгом. Черепахи обнаруживают, что кристалл это жизненная сила для всех динозавров, они должны получить его обратно, прежде чем все они будут уничтожены.

Император Алистер из Малакурии прибывает в США с образцом Малакуриан 19, Крэнг понимает что это способ подачи питания на Технодром, который имеет постоянные нарушения энергоснабжения. Чтобы отпраздновать отношения между Малакурией и США, император принимает бал-маскарад в Нью-Йорке, но его дочь Мэллори пробирается за ночь в город. Эйприл принимают за принцессу Мэллори, на маскараде также появляется Шреддер, Бибоп и Рокстеди, которые планирует похитить принцессу Мэллори, чтобы получить Малакуриан 19.

Робот воин, известный как мобильный бронированный компьютеризированный боец, перемешается от 400 лет из будущего в 20-е века в Нью-Йорк. Он дружит с черепахами, но Шреддер и Крэнг ищут его, чтобы переманить на свою сторону, при помощи перепрограммирования.

Шреддер получает во владение древний меч ниндзя, который создан из металла космического происхождения, что позволяет проходить сквозь измерения.

Крэнг и Шреддер придумали план, чтобы избавиться от черепах из канализации, город затоплен водой из океана.

Обеспокоенный тем, что Шреддер скоро выиграет, Леонардо сомневаясь в своём руководстве, принимает решение уйти на некоторое время. Между тем, Крэнг и Шреддер забирают солнечную энергию от солнца для двойной цели питания Технодрома и для создания на Земле ледникового периода. Без Леонардо, три других черепахи попытаются сорвать Шреддеру планы, принимая решения по очереди как лидеры, но каждый понимает, что они должны преодолеть свои собственные недостатки, такие как: Рафаэль не может принять решение, Микеланджело становится все более серьезным, а Донателло необходимо все анализировать даже самые очевидные факты.

Шишка на голове Леонардо, заставляет его думать, что он находится в семнадцатом веке во Франции, а его товарищи мушкетеры.

Шреддер перепрограммирует новый суперкомпьютер для сбора городского мусора, чтобы собрать черепах. Но когда Шреддер не устанавливает определение черепах ниндзя, суперкомпьютер собирает черепах всех видов! Черепахи из города любой формы и размера не являются безопасными для Шреддера.

Шреддер считает, что он Микеланджело после компьютерного сбоя.

Инопланетяне похитили Донателло и Рокстеди.

Визит на землю пришельца с фотокамерой приводит к хаосу. Шреддер и Эйприл попадают во внутрь камеры иностранца, потому что она делает больше, чем просто снимки.

Шреддер и Крэнг изобретают любовный напиток, который заставляет Леонардо, Рафаэля и Микеланджело влюбится в Ирму, а Рокстеди в Эйприл. Донателло создает антидот.

Бакстер Стокман возвращается, чтобы отомстить черепашкам и Шреддеру. В это время наши герои пытаются остановить план Шреддера, выкачать воду из подземного резервуара.

Нетерпеливый паренек вызывает переполох в городе, в то время как Шреддер и Крэнг берут под контроль все машины в городе. Может быть, этот новый "герой" может помочь черепашкам.

При аварии поездов, смешиваются два компонента из разных поездов и получается мутаген, из лужи с мутагеном пьют два быка. В результате получается мутагеновый монстр.

Корпорация «Чернила осьминога» похищают работников других корпораций. Кейси Джонс помогает черепахам раскрыть, кто стоит за новой волной корпоративной преступности.

Michaelangelo gets a job as a pizza delivery boy. But who's his new boss?

Shredder and Krang produce hi-tech versions of Rocksteady and Bebop to keep the Turtles busy.

A skilled, and lovely, ninja warrior is hired by Krang to defeat the Turtles. Shredder's replaced, Leonardo's met his match.

Splinter suffers amnesia as the Turtles try to remind him that he is the true leader of the Foot Clan.

While Raphael is reliving the past, via the Turtles' photo album, their frog friends in the Florida Swamps are being terrorized by a mutant alligator known as Leatherhead.

It's Michaelangelo's birthday, but none of his brothers seem to remember, and it frustrates him greatly.

A rabbit ronin warrior from an alternate dimension is lost in our world. While the Turtles help him adjust, Shredder steals a dragon egg to unleash it on the city.

Someone is stealing all the kimonos in the city. After Master Splinter's favorite kimono is stolen, April's famous detective aunt helps the Turtles retrieve it.

Shredder tricks Usagi Yojimbo into battling the Turtles.

While the Turtles are suffering from turtle pox, a disease that affects only mutant Turtles, Krang has developed a robotic turtle that he calls Metalhead.

Leatherhead has come to the city searching for the Turtles. While crawling through the sewers he encounters the Rat King who charges him with trespassing.

Irma is kidnapped by Bebop and Rocksteady and is replaced by a robot that looks just like her that is programmed to eliminate the turtles.

The Turtles must clear their names when they are believed to be jewel thieves who stole a priceless emerald during a magic act run by a wizard named Boldini.

Zach and his brother Walt visit the Turtles. As they leave, Walt takes a map that could guide Shredder to the lair if it happens to fall into the wrong hands.

Shredder tries to trick the Turtles into eating cookies made with anti-mutagen. Michaelangelo, wanting to be a human, tries one of the cookies and it mutates him into a teenager.

Kala's pet Grybyx, which has a really bad temper whenever it gets hungry, escapes from Dimension X through a portal to Earth, causing trouble for the Turtles.

While searching for a device to transform crude oil into liquid hydrogen, Krang accidentally brings Mr. Ogg from Dimension Z to earth.

The Turtles are frustrated that they let Shredder slip away from them again. They feel like giving up, and wish they had never been born.

An interdimensional alien spacecraft leads Baxter Stockman to his latest vengeful plot to destroy the Turtles and Shredder.

After several failed attempts to get the Technodrome re-energized, Shredder and Krang run one last-ditch distraction for the Turtles at Fort Charles while Bebop and Rocksteady steal energy fuel cells from the neighboring space research center.

The Technodrome is up and running again, and it is up to the Turtles to hinder Shredder and Krang from getting to the surface.

After several setbacks, Shredder and Krang steal all of New York's electricity and charge it into a giant transdimensional gateway, designed to send Earth into Dimension X. The Turtles must defeat their enemies once and for all before Earth is destroyed by Krang's Rock Soldier army.