Сезон 1

Немо и его товарищи-заключенные исправительной колонии в Калпани вынуждены построить гигантскую подводную лодку — «Наутилус». Как только она будет готова, Немо и его приближенные планируют сбежать на ней. Но когда прибывает директор Кроули из безжалостной Ост-Индской торговой компании и требует, чтобы «Наутилус» немедленно перевезли в Бомбей для оснащения, Немо вынужден продвигать свои планы, набрав в команду тех, кого он сможет собрать.

Когда некоторые члены команды пытаются покинуть Наутилус и доплыть до берега, их обнаруживают эмиссары компании и заставляют вернуться. Теперь Наутилус должен выйти в море, чтобы избежать захвата. Неожиданная встреча с китобойным судном замедляет их, и как раз когда они почти на месте, их заставляют спуститься под воду для игры в кошки-мышки.

Капитан Немо и его команда вынуждены сделать остановку на острове Караян за водой и припасами. Немо узнает шокирующую правду, а Смирение и команда узнают, кто такой Немо на самом деле.

Капитан Немо и его голодающая команда выходят на берег, казалось бы, безлюдного острова в поисках еды. Когда Бластер пропадает, Немо и Хумилити отправляются на смелую спасательную операцию, но вскоре сталкиваются с гигантским электрическим угрем.

Когда появляется жуткое красное свечение, гигантский угорь внезапно отпускает Наутилус, он оказывается цепью подводных вулканов. Без рулевого управления Наутилус продолжает тонуть в направлении опасной лавы - и вскоре становится ясно, что только Смирение может спасти команду.

Подводные вулканы, как оказалось, открывают ключ к легендарному подводному городу Атлантиде. Небольшая группа отправляется на разведку и находит то, что кажется древним форпостом затерянной цивилизации, но также понимает, что это дом для ужасающих морских лилий, и команда должна бороться за свои жизни.

Смелая битва между кораблями Компании «Дредноут» и «Наутилус» оставляет обоих застрявшими во льдах Арктики, что приводит к непростому перемирию. Немо воссоединяется с другом из своего прошлого и потрясен новыми открытиями о своем отце.

Когда выясняется, что Немо был слишком смел и подверг команду опасности, они запирают его в каюте, а Бонифаций берет командование на себя. На магнитном северном полюсе проблемы накапливаются. Немо должен объединить свою разрозненную команду, рассказав им, кто он на самом деле.

Когда Наутилус наконец достигает сокровища, они понимают, что оно вовсе не забыто, наоборот, его охраняют дикие воины. Немо чувствует, что повел свою команду на край света – зря.

С новой целью - свергнуть Компанию - команда распространяет слухи о том, что компания вот-вот обанкротится. Цена акций резко падает, и Компания созывает всех владельцев на собрание. У Немо и его команды есть всего несколько часов, чтобы добраться до собрания и попытаться навсегда распустить компанию.