Сезон 1

Скотт в школе спасает Жабу от школьных хулиганов, из-за чего происходит взрыв на стадионе. Профессор, все уладив, едет с Грозой на станцию встречать Курта. Курт осваивается в институте, получает костюм и индуктор для имитации внешности. Мистик посылает Жабу в институт на разведку.

Когда Китти Прайд узнает о своих способностях, упав ночью сквозь пол, Профессор и Джин едут, чтобы её завербовать. Но они вынуждены спасать её от влияния Ланса Альвареса, способного создавать толчки, подобные землетрясению, и управлять горными породами, который хочет использовать Китти для своих целей. В это время Росомаха сражается с Саблезубым.

Шельма узнает о своих способностях на школьных танцах, когда парень Коди дотрагивается до неё. После этого она убегает домой и ищет информацию о своем прошлом. Судьба, у которой жила Шельма, сообщает Мистик, что Люди Икс идут за Шельмой. Мистик, не желая отдавать им свою приемную дочь, нападает на неё в обликах людей икс.

Росомаха и Джин идут на стадион завербовать Пузыря, но их опережает Мистик. Она переводит его в свою школу, и, когда он начинает испытывать трудности с одноклассниками, Джин помогает ему. В итоге он влюбляется в неё и похищает, надеясь добиться от неё любви силой. В это время также переведенная в школу Бейвилла Шельма начинает испытывать чувства к Скотту.

Эван Дениэлс, племянник Грозы, зная о своей мутации - выделении из своего тела шипов - изначально отказывается вступить в институт Ксавье. Но когда его соперник в спорте Пьетро сначала грабит его, а потом подставляет, он решает тренироваться в институте, чтобы отомстить Петро и доказать свою невиновность.

После ссоры с Циклопом Курт попадает в закрытую лабораторию, а когда лаборатория самоуничтожается, приходит Шельма. Она, случайно активировав прибор, отправляет Курта в срединный мир. Там он встречает создателя прибора - Кузнеца, который сам попал под излучение прибора 30 лет назад. Когда Шельма узнает, что Люди Икс не могут найти Курта, как будто его не существует, она рассказывает им о приборе. Они находят прибор, но братство нападает на них, желая получить прибор себе.

Циклоп прерывает тренировку, возмущенный тем, что Шельму используют в качестве врага. Мистик, желая увеличить ненависть Шельмы к Людям Икс, рассказывает ей об этом и отправляет Шельму в экскурсию вместе с геологическим кружком, обещая ей, что там она всё поймет. Мистик в облике Пола (друга Циклопа) едет с ними и, когда Шельма с Циклопом разговаривают, желая расставить все точки на "i", появляется Мистик, раскрывая, что она — директор их школы (на самом деле Мистик — их главный враг, именно она сталкивает Циклопа с обрыва).

Шип, желая исправить свои оценки, решает снять фильм о своей семье. Саблезубый следит за мутантами в школе и использует камеру, чтобы узнать, где их особняк. Саблезубый нападает на особняк, но, встретив достойное сопротивление, отступает. Шип тем временем, взяв Китти и Шельму, уезжает из института, чтобы снять сцену для фильма. Саблезубый, следя на институтом, нападает на них, желая похитить их и вытащить Росомаху на поединок.

Мистик освобождает сводного брата Ксавье Джаггернаута, чтобы он добыл ей церебро, но вскоре Кейн решает убить и Чарльза, и Мистик. Люди Икс и Братство тем временем в летнем лагере участвуют в тренировке, цель которой - захват флага, но, узнав о Джаггернауте, они объединяются, чтобы остановить его.

Шельму мучают сны о женщине в плаще, которая теряет ребенка во время погони. Ксавье выясняет, что это не просто сны, а воспоминания, доставшиеся Шельме от Мистик, тот ребенок — Курт, а гнался за Мистик Магнето. Росомаха отправляется в логово в горах узнать, что там делал Магнето, а Мистик узнав, что её сын жив, устраивает встречу с ним, в которой хочет раскрыть сыну правду, но им мешает братство, посланное Магнето.

Росомаху мучают сны о его прошлом в Оружии Х. Услышав репортаж о Канадской горе, Логан понимает, что ответы надо искать там. У горы он встречает Саблезубого, который, победив его, приносит его к профессору Ояме, наделившему Логана адамантовым скелетом. Он хочет вернуть его в проект с помощью чипа для контроля. Росомаха с Саблезубым нападают на Китти и Курта, случайно увязавшимися за Логаном.

Братство и Мистик сражаются с Людьми Икс за место на Астероиде М — убежище для мутантов, которое создал Магнето. Циклоп тем временем находит своего брата Алекса, который приводит его в логово Магнето на Астероид.

Magneto reveals the his plans for the winners of his challenge - to fully unlock their powers with a machine he has built. Back at the mansion, those left behind regroup, and decide to pay Magneto a little visit.