Сезон 2

Рэймонд Рэддингтон отправляется в Камерун в поисках зацепки, чтобы подобраться к Берлину. Разговорив лидера местных боевиков, он узнаёт, что его противник нанял хакера по имени "Лорд Балтимор" для сбора неких данных. Министерство юстиции недовольно тем, как работает секретный штаб в отсутствии Гарольда Купера, но тот после ранения не хочет возвращаться на свой пост. Арам вычисляет способ, при помощи которого "Лорд Балтимор" собирает информацию. Под подозрение попадает Роуэн - сотрудница крупной финансовой компании. Рэддингтона преследует загадочная женщина. Берлин наносит новый удар.

В польской столице совершено дерзкое ограбление банка Монарх Дуглас. Сумма похищенного довольно мала, но Рэддингтон сообщает Элизабет Кин, что через Варшавский филиал отмывали деньги многие преступные организации. Гарольд Купер отправляет Элизабет и Дональда Ресслера в Польшу, где им предстоит работать с агентом Полом Салерно. В ходе расследования выясняется, что истинной целью злоумышленников была секретная база данных по финансовым операциям, хранившаяся на весьма необычном носителе. Тем временем бывшая жена Рэя Наоми, пленница Берлина, предпринимает попытку к бегству.

Пришедший на деловую встречу в кафе Пол Уэйт бросается прочь от своего собеседника с призывами о помощи, и его увозят в фургоне в неизвестном направлении. На следующий день его труп с вырезанным из груди сердцем находят на улице. Рэй рассказывает Элизабет о хирурге Джеймсе Ковингтоне, который наладил подпольный бизнес по пересадке органов. Берлин продолжает наносить урон бизнесу Рэддингтона и посылает агента, чтобы переманить к себе его партнёров — Нико, Ласкина и Руссо, как раз перед очень важной и крупной сделкой, от которой зависит их будущее. Кто же из этих троих окажется предателем? К штабу под руководством Гарольда Купера присоединяется агент Моссад Самар Наваби.

Рэддингтон сообщает Элизабет о том, что недавняя серия убийств, совершенная людьми, не имевшими судимости, является частью социопсихологического эксперимента, финансируемого из «чёрного бюджета» правительства. Гарольд Купер решает воспользоваться своими связями, чтобы получить информацию от сенатора Шеридана, но тот не спешит раскрывать свои секреты. В ходе расследования Лиз и ее команда выходят на психиатра по фамилии Крил и подсылают к нему "подсадного" пациента. Опасаясь новых козней Берлина, Рэймонд пытается убедить Наоми Хайленд и её мужа Фрэнка уехать из Филадельфии и сменить фамилию. Арам начинает симпатизировать агенту Наваби. Элизабет пытается узнать у Наоми о прошлом Рэя.

Элизабет Кин высказывает Рэю Рэддингтону своё недовольство тем, что за ней присматривает его агент. Ей явно есть что скрывать, и слежка её нервирует. Рэю удаётся переключить внимание Лиз на новое дело: молодую беременную женщину намеренно сбивает машина. При обследовании у неё под ногтями находят следы краски от недавно похищенной старинной картины. Лиз и её коллеги выясняют, что муж пострадавшей, член радикальной организации, планирует крупный теракт.

Рэй Рэддингтон рекомендует Лиз заняться расследованием деятельности картеля Момбаса, истребляющего редких животных с целью наживы. Он знакомит её с очень богатым и влиятельным бизнесменом Джеффом Перлом, ярым защитником дикой природы, в надежде, что он сможет дать ей полезную наводку. Тем временем коллеги Лиз озадачены тем, что трупы нескольких крупных браконьеров находят на восточном побережье Тихого океана с содранной кожей. Ресслеру предстоит опасная экспедиция на Север. Лиз сдаёт властям приставленного к ней Рэддингтоном агента, который узнал её секрет.

Элизабет Кин прилагает колоссальные усилия и море терпения, пытаясь вытрясти из Тома информацию, которая позволит ей подобраться к Берлину. Рэддингтон даёт Лиз и её коллеге Самар Наваби наводку на агента Иранской разведки по прозвищу Скимитар («Клинок»). Жестокий и изобретательный агент охотится за учёными, занимающимися ядерными разработками. Самар проявляет особое рвение в деле поимки опасного преступника, так как у неё к нему имеется особый счёт.

Уже 4 месяца как Элизабет держит Тома в плену, но много информации из него выжать не удаётся. К тому же лодкой, где содержится Том, живо интересуется работник порта. Агент Кин сильно рискует. Рэддингтону и Берлину удаётся выяснить отношения, и они объединяются против того, кто столкнул их лбами: загадочной личности по прозвищу Декабрист, организатора теракта в Советском Союзе в 1991-м году. Бывшие враги, а ныне союзники, вместе отправляются в Москву на встречу с подозреваемым, но истинный виновник их злоключений оказывается намного ближе.

После того как неуловимого Реддингтона арестовывают и помещают под стражу в изолятор, Лиз собирает команду, дабы спасти его, прежде чем он исчезнет навсегда. Тем временем самому Рэду в месте своего заключения приходится столкнуться с Лютером Брэкстоном – вором, с которыми его связывает одна сложная история

Купер изо всех сил пытается спасти свою команду, чья судьба, как и судьба Реддингтона, остается неизвестной после произошедшего хаоса. А Лютер Брэкстон борется за получение секретной информации, в то время как его отчаянно пытаются остановить

В Узбекистане террорист Руслан Денисов захватывает в заложники священника, который оказывается агентом ЦРУ под прикрытием. Прибывшие на выручку Лиз и Ресслер выясняют, что Денисов пытается оказать давление на компанию Аннека Ойл, которая построила в стране нефтепровод, угрожающий здоровью и жизни местного населения. Реддингтон старается помочь агентам ФБР, не упуская при этом свой интерес. Агентам пытается помешать коррумпированный капитан Кушан.

На лагерь религиозной секты, давно находящейся под наблюдением правоохранительных органов из- за пропаганды полигамии и случаев насилия над детьми, совершено нападение: взрослых членов секты убивают, а детей увозят в неизвестном направлении. Рэймонд Реддингтон сообщает команде Гарольда Купера о том, что лидер секты — Джастин Кеньон — принимал у криминальных элементов на хранение наркотики и оружие, часть которого оказывается похищенной. Единственный свидетель, с помощью которого можно вычислить местонахождение группы нападавших — это маленький мальчик, которому удалось сбежать.

Рэддингтон подозревает, что Элизабет знает местонахождение Фулкрума, и в обмен на информацию о нём предлагает ей помощь в поимке серийного убийцы по прозвищу "Охотник на оленей". Маньяка, подбирающего жертвы по комплекции и вырезающего у них внутренности, не могут найти уже 12 лет. Рэй подсказывает Лиз и Ресслеру, что главная ошибка ФБР в том, что "Охотник"- не мужчина, а хрупкая женщина. Тем временем детектив Уилкокс собирает свидетельства того, что агент Кин и ее муж Том причастны к убийству работника порта.

Рэддингтон даёт Элизабет Кин наводку на богатое и влиятельное семейство Кинг, которое уже много лет проводит подпольные аукционы по продаже краденых предметов искусства, оружия, секретных документов и людей, представляющих ценность для клиентов. В обмен Рэй просит помочь ему вызволить из неприятностей свою старую знакомую — Мэдэлин Прэтт. Однако вскоре Рэймонд попадает в ловушку и сам становится ценным лотом на аукционе Кингов. Лиз бросается на выручку, а перед этим получает звонок от своего бывшего мужа Тома, который получает от своих покровителей новое имя и новое задание.

Несмотря на все усилия по улаживанию ситуации с детективом Уилкоксом, предпринятые начальством Элизабет Кин, ей приходится дать показания судье Доннеру и рассказать о деятельности штаба, о Рэддингтоне и о том, что произошло на лодке "Феникс". Лиз всячески старается скрыть тот факт, что ее бывший муж жив, однако ее положение весьма шатко. Рэй пытается помочь ей и найти Тома Кина. Однако Том, который в очередной раз сменил маску, находится далеко — в Дрездене, в образе немецкого скинхеда, и чтобы добраться до него, Рэддингтону нужен наставник Кина по прозвищу "Майор".

Чтобы снять с Элизабет обвинение в убийстве Эймса, Рэддингтон и Ресслер отправляются в Германию, чтобы найти Тома Кина и убедить его дать показания судье Деннеру. Том, тем временем, готовится заключить со своими новыми партнёрами крупную сделку. Гарольд Купер крайне разгневан тем, что Лиз вынудила его лжесвидетельствовать. Во время выяснения отношений с Кин, с ним случается приступ.

Рэддингтон поздравляет Элизабет Кин с днём рождения и дарит ей памятную бутылку вина, а также в качестве бонуса «подкидывает» новый объект из «Чёрного списка» — программу «Долголетие», а точнее, даёт наводку на спонсора исследований продления человеческой жизни. В лабораториях, которые финансирует миллиардер Роджер, проводят эксперименты на живых людях. Том Кин вместе с Майором попадают в руки немецкой банды «Die Entrechteten», и теперь, после провала легенды, агенту и его наставнику грозит жестокая расправа.

Авантюристка Ванесса Круз мастерски подставляет преуспевающих бизнесменов. Кто-то из них попадает в тюрьму, а кто-то умирает. Она — следующая в "чёрном списке" Рэймонда Реддингтона. Но в обмен на информацию он требует у Элизабет Кин Фулкрум. Одновременно к Элизабет обращается за помощью Том: ему нужны паспорта, которые он в своё время прятал в тайнике. Но Лиз ставит свои условия...

Лиз и Дэмбэ увозят Рэддингтона из-под обстрела, а Мистер Каплан срочно организует операционную в секретном укрытии. Купер пытается прислать своим агентам подкрепление, но происходит утечка информации, и им приходится не только отстреливаться от врагов, но и звать на помощь старых и новых знакомых. Элизабет узнаёт еще несколько секретов Рэя и Тома. Жизнь Рэймонда висит на волоске, и наступает момент использовать главный козырь: «Основу» (Фулкрум).

После расшифровки информации, извлечённой из «Основы» (Фулкрума)», Рэд полон решимости остановить надвигающуюся угрозу. Тем временем целевая группа находит мёртвые тела китайско-американских женщин, вывозимых контрабандой из страны под чужими именами. А Лиз, после обнаружения картины, скрытой в секретной квартире Реддингтона, продолжает искать ответы на вопросы о своём прошлом

Через пару минут после диалога с неизвестным активистом, собирающим подписи в университетском кампусе, студент Коннор Дженнингс умирает в страшных конвульсиях. Его семья и не догадывается, что он пал жертвой убийцы по прозвищу «Каракурт», которого вызвали в страну участники Заговора. Рэймонд Реддингтон догадывается о том, что готовится теракт, который изменит политическую ситуацию в мире, но чтобы остановить Каракурта, ему и Элизабет Кин необходимо вычислить потенциальную жертву. Получив новую угрозу от Коннелли, Гарольд Купер просит совета у Реддингтона.

В финале сезона Лиз понимает, что является жертвой заговора. Девушка заставляет Реддингтона использовать свои связи, дабы помочь ей очистить своё имя. После того как Гарольд Купер получает шокирующие новости, Ресслер, Самар и Арам должны решить, кому же в целевой группе по-прежнему можно доверять, а кому уже нет