Сезон 2

Капитан Чандлер узнает об истинных намерениях хозяев Олимпии, но, кажется, уже слишком поздно: корабль и все данные о вакцине в руках злодеев, а доктор Скотт у них в плену. Но солдаты военно-морских сил Соединенных Штатов никогда не сдаются врагу без боя и готовы драться с противником как на суше, так и на море. И пока капитан Чандлер находит новых союзником и разрабатывает план штурма вражеской цитадели, плененные матросы вовсю готовят план своего освобождения.

Капитан Чандлер и его новый союзник, лидер повстанцев и бывший детектив Торвальд, вместе разрабатывают план штурма Авосета и свержения власти Грандерсон, но ни один американский моряк не собирается сидеть сложа руки и ждать, пока его спасут — совсем не этому учат бравых молодых ребят на флоте США. Каждый из них готов вложиться в общее дело и взяться за оружие во имя справедливости. Злодеев атакуют со всех сторон и, кажется, несмотря на явное численное преимущество, у врагов нет никаких шансов — ведь им неведома искренняя любовь к Родине.

Капитан Чандлер и его команда прибывают в Норфолк, где начинают поиски семей членов команды, а заодно встречают подкрепление в лице отряда морских котиков и пилотов и знакомятся с ВМФ США по борьбе с эпидемией, в рамках которого в США и Европе было развернуто несколько десятков секретных лабораторий. Теперь задача Чандлера — привести лаборатории в рабочее состояние и начать массовое производство и распространение вакцины по всему миру. Однако на горизонте появляется новый враг...

Капитан Чандлер узнает о существовании огромного, прекрасно оборудованного плавучего госпиталя «Милосердие», который вышел из Норфолка две недели назад — и, судя по всему, все оборудование из лаборатории для производства вакцины на нем. Команда начинает поиски и вскоре обнаруживает госпиталь — но на борту «Милосердия» их ждет вовсе не то, чего они ожидали.

В результате нечаянного столкновения новый враг показал себя, и теперь команде «Натана Джеймса» противостоит действительно серьезный противник: британская атомная подводная лодка «Ахиллес» класса Эстьют. Но намного серьезнее то, что экипаж подлодки — лишь малая часть организации, которой удалось захватить всю Европу. И главное оружие этой организации — не пушки и не ракеты, а новая идеология: святая вера в то, что жизни достойны лишь люди, обладающие естественным иммунитетом к болезни. И теперь эта организация, наконец, обратила свой взор на Америку.

Капитан Чандлер и его команда продолжают поиски вражеской подлодки, когда получают послание от доктора Хантера, наставника доктора Скотт, в котором он успевает сказать, что разработал аэрозольный вариант вакцины — и что на его лабораторию напали. Увы, экипаж «Натана Джеймса» прибывает слишком поздно: все ученые уже мертвы. Старший помощник Слэттери продолжает поиски лодки, а капитан вместе с несколькими бойцами бросается в погоню за напавшими и вскоре узнает, что враги хотят покорить всю Америку — и у них уже есть серьезный план.

Оказывается, у Америки есть президент — и этот президент уже находится в руках Шона и его приспешников. Чандлер пока не понимает, как относится к своим союзникам сам президент, но, в любом случае, главнокомандующего необходимо срочно освободить. Очень срочно, ведь уже сегодня вечером его увезут в неизвестном направлении. Но Берк уже разработал дерзкий план. Тем временем Джон Слэттери организует эвакуацию для команды Чандлера — но как это сделать незаметно для вражеской подлодки, которая всегда где-то рядом?

Операция прошла успешно, и теперь президент — почетный гость на корабле. Впрочем, сам он чувствует себя скорее пленником. И теперь перед капитаном стоит непростая задача: убедить президента в том, что его бывшие союзники — порочные и бессердечные апологеты нового расизма, которые не пожалеют ничего во имя нового мирового порядка; и, заодно, по возможности вызнать планы этих апологетов и местонахождение их подводной лодки.

«Натан Джеймс» направляется к берегам Нового Орлеана — именно с этого города капитан Чандлер и президент Мичнер намерены начать возрождение Соединенных Штатов. Но плыть еще долго, и у президента есть время все обдумать, а также познакомиться с командой. Тем временем доктор Скотт близка к созданию распыляемой вакцины, но сталкивается с серьезными трудностями. Конечно, Ниль мог бы ей помочь, но захочет ли он сотрудничать? И как далеко готова Рэйчел зайти, чтобы добиться желаемого?

«Натан Джеймс» держит курс на Новый Орлеан, где в дельте Миссисиппи располагается флот, груженый продовольствием. Слэттери пытается разговорить пленных, чтобы понять, как работают их средства связи. Капитан Чандлер приказывает начать расследование обстоятельств смерти Нильса. Рэйчел использует органы Нильса для усовершенствования вакцины.

Шокированные вражеской подлостью, моряки помогают жертвам коварства братьев Рэмзи, невзирая на то, что теперь все американцы считают виновниками трагедии именно их. Становится очевидно, что победу в битве за Соединенные Штаты одержит тот, кто будет контролировать средства массовой информации. Президент Мичнер готов выступить с обращением к нации, но перед этим экипажу корабля нужно локализовать источник сигнала сети братьев Рэмзи, «Валькирии», и завладеть им.

Капитану Чандлеру надоело скрываться, и он намерен дать подлодке последний бой. Валери обещает отвлечь ополченцев ложными сообщениями, чтобы корабль смог незаметно выйти из окружения в открытое море, обойти подлодку с фланга и напасть. Перед решающим сражением все, кем нельзя рисковать — дети, доктор Скотт и президент — под охраной старпома Слэттери высаживаются на берег, чтобы найти укрытие и переждать битву. Они еще не догадываются, что исход сражения будет зависеть именно от них.

После победы над подлодкой экипаж «Натана Джеймса» может, наконец, вернуться к своей изначальной миссии. План таков: пройти вдоль всех крупных населенных пунктов на берегу Миссисипи, заранее оповестив население, и, сойдя на берег, распространить заразную вакцину. Но, хотя братья Рэмзи повержены, их дело все еще живо, и враг не намерен сидеть сложа руки. А простые граждане, измотанные долгой информационной войной, теперь боятся всего на свете, поэтому убедить их, что вакцина настоящая, и без того будет непросто.