Сезон 2

Остановив боевые действия, военные во главе с майором Эдуардом Беком занимают территорию между городами и начинают восстановление округа. Вскоре Джейку и остальным становится известно о всенародной амнистии, под которую попадают преступники, нарушившие закон во время периода хаоса, но оправдание Константино вызывает недовольство жителей Иерихона. Чтобы урегулировать конфликт, Бек делает Грин и Хэзер предложения о сотрудничестве. Тем временем Хокинса находит еще один коллега по работе, а упорство и умения Мими позволяют Стэнли не только сохранить ферму, но и решиться на важный шаг в отношениях с любимой.

Жители города взбудоражены, но не столько из-за приезда президента, сколько из-за происходящих изменений вроде смены флага или новой трактовки исторических фактов в школьных учебниках. Тем временем Джейк оказывается в самом центре секретной операции Хокинса, рассказавшего мужчине о бомбе и ситуации в стране. Грин знакомится с репортером, которого вскоре решает использовать для помощи Роберту. Между тем прибывший глава государства выдвигает Андерсону заманчивое предложение, которое вызывает протест со стороны Эрика. Стэнли задумывает сделать любимой сюрприз, а Бек получает новые инструкции по своему основному заданию.

Дэйл возвращается в Иерихон с тревожными новостями о надвигающейся эпидемии смертельной болезни. Ему удалось раздобыть вакцину, однако присланный помочь Беку в управлении городом Гетц конфискует контрабанду. Узнав о стремительно приближающемся бедствии Грин делает все, чтобы жители избежали участи зараженных и погибших людей из других городов. Между тем Хокинсу приходится использовать рассказанную когда-то Джимми легенду об агенте ФБР, чтобы убедить Бека проверить, лжет ли тому его начальство.

Дэйл продолжает промышлять незаконными закупками, однако Гетц, получив сведения о связи юноши с контрабандистами, решает его устранить. Тем временем Бек ожидает получения информации о возможном расположении бомбы, и, чтобы украсть у него эти данные, Хокинсу и Джейку приходится ввести в курс дела единственного возможного союзника с допуском в штаб — Хезер. Кларк между тем, работая на корпорацию, узнает о серьезной недостаче денег и становится целью желающего замять дело Гетца.

Узнав, что Мими выжила, Гетц решает во что бы то ни стало до нее добраться, в то время как Джейк, оставшись в одиночестве после временного отъезда Бека, собирает команду для защиты женщины. Тем временем Хезер узнает, что Константино назначил за ее голову награду, но отправленный выполнить его поручение Рассел предлагает женщине сделку. Гетц же использует семьи оккупировавших госпиталь людей, чтобы расформировать собранный Грином отряд. В больнице между тем разворачиваются две операции: с помощью Хокинса пришедшая в себя Кларк пытается обнародовать добытые сведения, а Грин с остальными начинают поиски затесавшегося в их ряды предателя.

Чтобы защитить остальных от расправы Бека, Джейк решает добровольно сдаться, однако стратегия мужчины не срабатывает. Майор заключает бывшего шерифа за решетку и применяет пытки для усмирения не его команды. В это время друзья Грина пытаются вытащить их предводителя из заключения. Тем временем Чавез наконец добивается рассмотрения заявления Хокинса, и тот, вопреки желанию своего тайного осведомителя, отправляется в Техас. Мими же пытается помочь Стэнли справиться с психической травмой, а Роберт подвергается нападению и раскрывает истинные намерения информатора.

Бек получает приказ приступить к третьей фазе подавления мятежа, что вынуждает Эрика задуматься о заключении сомнительного союза с Константино. Тем временем Хокинс, чтобы отыскать бомбу, заручается поддержкой Джейка, а также объединяется с бывшим товарищем Роберта по прошлой жизни. Однако его информатор оказывается на шаг впереди, и лишь чудом Грину с Хокинсом удается вырваться из лап неприятеля, прихватив с собой главную улику. В это же время майор, узнав правду о правительстве, складывает полномочия и начинает подготовку по борьбе с ним.