Сезон 1

В 2015 году Ангел возвращается, чтобы атаковать Токио-3. Мисато Кацураги перевозит Синдзи на базу NERV, которой руководит Гэндо, его отстраненный отец.

Синдзи пилотирует Еву-01, после чего просыпается в госпитале и не помнит ничего о битве. Мисато жалеет его и приглашает пожить у нее.

По школе ходят слухи, что Синдзи пилотирует Еву. Его одноклассник Тодзи обижается из-за этого. Появляется Ангел, и Синдзи вынужден снова вступить в бой.

Последняя битва опустошила Синдзи. Он сбегает из дома и встречает Кэнсукэ. NERV возвращает его обратно, и Мисато предлагает ему выбор.

Пилот Евы-00 Рей Аянами поправилась, но у нее нет ни друзей, ни воспоминаний, ни желания познакомиться с Синдзи.

Пятый Ангел нападает на NERV. Мисато руководит операцией «Ясима»: вся энергия Японии будет направлена на то, чтобы ликвидировать Рамиила с помощью позитронной винтовки.

Рицуко раскрывает Синдзи секретную информацию об истинной причине Второго удара. Затем они с Мисато посещают испытания Евы.

Синдзи и его друзья сопровождают Мисато на встречу с Евой-01 и ее пилотом Аской в море. У Рёдзи Кадзи, старого друга Мисато, свой собственный план.

Аска и Синдзи сталкиваются с очередным Ангелом, но быстро одолевают его. У них есть шесть дней, чтобы научиться двигаться синхронно и полностью разрушить его.

NERV узнает о зарождающемся Ангеле в жерле вулкана. Аска отправляется за ним на Еве-02 с оборудованием для магмы.

Токио-3 остается без электроэнергии в тот самый момент, когда обнаружен еще один Ангел. Пилоты должны проникнуть на базу с поверхности, а NERV готовит Ев вручную.

Гэндо и Фуюцуки находятся в Антарктике. Когда над Землей появляется новый Ангел и собирается разбомбить Токио-3, получившая повышение Мисато берет руководство на себя.

Ангел проникает в NERV и быстро захватывает суперкомпьютер «Маги». Рицуко предлагает написать программу, которая уничтожит Ируила.

Seele оценивает действия NERV и Гэндо в отношении Ангелов, а Рицуко проводит испытание, в ходе которого пилоты меняются Евами.

Впервые за многие годы Синдзи встречает отца на могиле матери. Рицуко, Мисато и Рёдзи посещают свадьбу, а Аска идет на свидание.

Во время битвы распространяющаяся тень Ангела поглощает Синдзи и Еву-01. NERV боится, что потеряла их, а с Синдзи происходит что-то странное.

В Неваде исчезает NERV-02 и Ева-04. Гэндо приказывает Рицуко назначить пилота для Евы-03.

Ева-03 прибывает из США, но Синдзи по-прежнему не знает, кто ее пилот. Во время испытаний NERV выясняет, что Ева-03 заражена Ангелом.

Находясь в смятении после битвы, Синдзи клянется больше никогда не пилотировать Еву и снова уходит из NERV. В этот момент снова атакует Ангел.

Синдзи достигает небывалого уровня синхронизации и сливается с Евой-01. Пока он проживает опыт вне тела, NERV работает над его эвакуацией.

Seele похищает Фуюцуки и допрашивает его об истинных намерениях NERV и Гэндо, раскрывая прошлые события. Рёдзи пропадает.

Синхронизация Аски продолжает падать, что подрывает ее самоуверенность. Чтобы проявить себя, она игнорирует приказы во время битвы.

Несмотря на возражения Аски, ей приказывают помочь Рей в битве против Армисаила, но она терпит поражение. Рей предпринимает отчаянную попытку спасти Синдзи.

Каору Нагиса, Пятое дитя, приходит в NERV пилотировать Еву-02 вместо Аски. Он дружелюбно настроен к Синдзи, но у него есть тайна.

Стартует Проект совершенствования человечества, и души людей сливаются. Реальность размывается, а пилоты Евы противостоят природе своего существования.

Проект совершенствования человечества продолжается. Синдзи должен решить, принять ли одиночество или удержать связь с остальными.