Сезон 5

На улицах города снова происшествие, Саблезуб, опять крушит всё подряд. Люди Икс отправляются туда и захватывают его. Связанного Саблезуба бросают в камеру, пока он не очнётся. Хотя всё это делается в тайне от Росомахи, он узнаёт об этом, по ошибке Джубили, и поговорив с профессором он отравляется его охранять. Однако прибыв туда, он понимает что это не Саблезуб, а кто-то другой. К профессору выходит на связь Мистер Злыдень и говорит об ужасном создании пожирающем материю. В конце концов, только Зверю удаётся уйти от нового врага, ему в этом помогает Терабайт - наследник Фаланги. Хэнк связывается с Форджем и говорит о беде, после они встречаются. Для них было крайней неожиданностью увидеть в союзниках Злыдня, который помогает им удрать.

Зверь, Злыдень, Фордж и Терабайт прибывают на остров Мюр, к Мойре. Там они встречают Амелию и Шона Кассиди. Им удаётся разработать вирус который должен убить Фалангу, но для этого надо узнать подействует ли он. Терабайт сообщает что силы Фаланги прибыли на остров и всем приходится сбежать от них, но Мойра и Шон были схвачены Фалангой. После бегства с острова Мюр все отправляются к Магниту просить его помощи. Магнит не сразу соглашается, но Хэнку удаётся убедить его помочь им. Магнит прибывает в деревню и берет образец тканей фаланги, в лаборатории её дают ассимилировать вирус, чтобы проверить реакцию. Вирус подействовал и все отправляются к Шпилю, которым является небоскрёб Эмпайр Стейт Билдинг. В то время как все отвлекали Фалангу, Магнит с Терабайтом напали на неё. Терабайт распаковывает вирус и уничтожает её.

Американские военные находят Омегу Реда в горах Кавказа и размораживают его для того, чтобы он помог поднять советскую субмарину со дна Тихого океана и отправил её в порт на Гавайях. Омега соглашается, при условии, что с ним поедут Гроза и Росомаха — его давние враги. Омега запускает подлодку и начинает подниматься. Командиры приказывают ему отправить подлодку в порт, но Омега намеревается запустить ракеты, загодя направленные им на крупнейшие города мира...

Потеряв Джину, Скотт не может найти себе покоя и покидает команду. Он возвращается в приют, где когда-то вырос, и знакомится там с мальчиком-мутантом Расти, способным создавать и контролировать пламя. Расти, как и ещё троих детей-мутантов, усыновил местный меценат Киллгрейв, баллотирующийся на пост губернатора; мальчик очень боится возвращаться к Киллгрейву, но хозяйка приюта Сара ему не верит и возвращает ребенка богачу. Скотт заподозрил что-то неладное, и, как оказалось, не зря: Киллгрейв сам является мутантом, способным к гипнозу, и он использует детей в своих корыстных целях. Скотту и Саре удается выкрасть детей у психа, после чего разъяренный Киллгрейв нападает на приют. Это снимают репортеры, тем самым, дискредитировав мутанта в глазах общественности. Прогнав врага, Скотт решает вернуться в команду; внезапно Церебро обнаруживает Джину — она ещё жива…

Джубили учится кататься на джипе с Росомахой, как вдруг появляется Лонгшот (Отстрельщик) из измерения телемагната Моджо. Моджо послал за ним охотников-гладиаторов. Но вмешательство Джубили и Росомахи провалило его приказ. После Моджо сам отправляется на Землю чтобы вернуть Лонгшота и устроить развлечение на Земле, но его план провалился и он удрал. А Лонгшот отправился за ним чтобы завершить битву за освобождение его народа от власти Моджо.

Грайдена Крида-младшего освобождают, и он отправляется в собственную организацию «Друзья Человечества», намереваясь вновь возглавить её. Но теперь организацией руководит совет, который указывает, что, помимо его отца Саблезуба, у Грайдена есть и ещё мутанты в родне. Крид хочет доказать, что он человек, и решает поймать и убить всех своих родственников-мутантов. В школу приходит Курт Вагнер и просит помощи в спасении своей матери, после чего Шельма, Росомаха и Джубили отправляются в логово «Друзей Человечества». Шельма узнаёт, что Курт — сын Мистик и брат Крида, намеревающегося раз и навсегда расправиться с неугодными родственниками. Тем не менее, всем удаётся спастись, а Крида по решению Совета отправляют прямиком к его отцу Саблезубу…

Странная буря бушует на городом, Гроза чувствует вмешательство неизвестной силы и пытается остановить её. Циклопу чудом удаётся посадить самолёт. Гроза найдя эпицентр пытается бороться, однако её ударяют молнии и она падает. Аркон - правитель планеты Полимакус поймал её и останавливает бурю. А потом уносит её против её воли на его планету, даже не дав связаться ей с остальными Х-менами. Потеряв связь с Грозой, команда ищет её, но находит её передатчик и странный шарик, который бросила Гроза, чтобы её нашли. Попытки Зверя разгадать что это за шарик, не увенчались успехом, но из-за удара кулаком по столу Росомахой, шарик упал и открыл портал, в который отправились Росомаха, Джубили, Зверь и Циклоп. По прибытии на них нападают и заточают их в тюрьму. Тем временем Аркон приносит Грозу на свою планету и убеждает её помочь, на что она соглашается. Грозе удаётся на время утихомирить бурю, однако пришедшие её друзья отвлекают её и буря возобновляется. Однако Гроза отговаривает своих друзей нападать на Аркона и останавливает бурю вновь. Аркон уговариет её остаться и стать его женой и соправительницей Полимакуса.

Аркон провозглашает Грозу королевой, и ей вместе с Арконом воздвигают Памятник. Однако Росомаха чувствует, что что-то не так на этой планете. Тем временем Аркон планирует захватить рабов для восстановления Полимакуса на соседней планете Делгания. Джубили красуясь золотой пряжей сбивает служанку, которая выглядит запуганной, что приводит её и Грозу в сомнение. Росомаха догадывается что на Полимакусе всё не так гладко. Он Зверь и Циклоп оправляются на базу роботов, где узнают о войне с Белганией. Всетившись с каторжником они также узнают о жестокости режима Аркона и о том что передатчик, который дестабилизировал кольцо Вердона и привёл таким образом к хаосу на планете, помогает отлавливать рабов-беглецов. Мятежники рассказывают о строительстве нового передатчика, который положит конец сопротивлению Белганийцев. Аркон вместе Грозой и Джубили празднуют, в это время сквозь стену проламываются Росомаха, Зверь и Циклоп и говорят о том кто на самом деле Аркон. После небольшой битвы все возвращаются домой, а Гроза на прощание уничтожает передатчик.

Джубили оставляют в качестве экскурсовода детей по пещерам. Во время этой экскурсии она узнаёт что вход в пещеру завален и выбраться из неё невозможно. Для того чтобы дети не паниковали Джубили рассказала сказку, главной героиней которой была она. Пока она рассказывала сказку, пришли другие Х-мены и пробив новый вход вызволили их из пещеры.

Джубили и Зверь отправляются в экспедицию, где обнаруживает племя поселенцев, поклоняющееся Апокалипсису. Кортес ищет мутанта, чтобы принести его в жертву Апокалипсису - для возрождения ему необходим сосуд. Кортес превращает Зверя в монстра,а Джубили попадает на жертвенный стол. Но один из всадников апокалипсиса помогает Джубили, зверь возвращается к своему облику. Апокалипсис все же находит сосуд.

Рассказ Россомахи возвращает нас в Париж времен Второй мировой войны. Вместе с Капитаном Америка, Логан сражался против немецких оккупантов. Чтобы сорвать планы фашистов, Логану было поручено спасти французского ученого Кокто, который находился в плену у Красного Черепа.

Действие происходит в Англии 19 века. Доктор Джеймс Ксавье безуспешно пытается вылечить юную Ребекку. Её супруг доктор Эссекс проводит серию таинственных экспериментов над людьми,превращая их в мутантов и создает сыворотку для жены. Но сам в процессе становится чудовищем, которое в XX веке будет известно под именем Злыдень...

Люди Икс узнают о юном мутанте, спасшем шахтеров во время обвала шахты. Шельма отправляется пригласить его в школу Ксавье. Но в подростке также заинтересована одна из спецслужб,готовая пойти на все,чтобы заполучить мальчика в свои ряды...

Во время выступление в конгрессе ярый фанатик борьбы против мутантов выстреливает импульсным лучом в профессора Ксавьера, отчего тот теряет контроль на своими силами и через некоторое время теряет сознание. К счастью для Росомахи, считавшего профессора умершим, он ошибся, но состояние профессора было на грани жизни и смерти. Увидев это по телевидению, мутанты поднимают восстание, а на острове Геноша собравшиеся мутанты обращаются к Магнето с просьбой возглавить борьбу против человечества. Люди Икс в это время догадались о том, что Магнето воспользуется этим чтобы начать войну, и поспешили туда с целью остановить его. Положение профессора было тяжелым, и без медицины Ши'ар спасти его становится затруднительно. Но единственный способ связаться с Лиландрой — телепатическая связь профессора, который был без сознания. Иксмены прибыли в ставку Магнето и завязали с ним бой. Во время боя Джины с Магнето, её телепатическая сила была усилена атакой последнего, и она поняла что это поможет спасти профессора. Х-менам удалось убедить Магнето помочь и он прибыл в школу. Его силы помогли на время привести в сознание профессора, чего хватило, чтобы он послал сигнал Лиландре. Через некоторое время профессор снова потерял сознание, но вовремя прибывшая Лиландра не дала ему умереть. Лиландра забрала профессора с собой, т.к. только медицина и врачи Ши'ар могли ему помочь. На этом сериал заканчивается.