Сезон 2

Скотт и Джина венчаются, чему не рад также влюбленный в Джину Логан — только он не пришел на свадьбу. В это же время возвращается Морф, чей разум был кардинально изменен силами зловещего Мистера Злыдня. Морф крайне озлоблен на бывших товарищей, считая, что те его бросили (в чем отчасти прав); используя способность к перевоплощению, он вносит сумятицу в ряды Людей Икс.

Скотт и Джина попадают в плен к Злыдню, который собирается использовать их силы в злых целях. Росомаха спасает Джубили от ненавистной к мутантам группировки «Друзья человечества» и, вернувшись в штаб, распознает перевертыша под личиной профессора, но Морфу удается уйти. Команда идет за ним по пятам и выходит на остров Злыдня. Морф, страдая от частичного раздвоения личности, отвлекает внимание Злыдня, пока Циклоп освобождает себя и Джину от оков и наносит сильные увечья хозяину острова, который поспешно сбегает; его примеру следует и Морф, на поиски которого отправляется Логан. В это время где-то на севере Ксавье и Магнит попадают под оползень…

Люди Икс обнаруживают некий пространственно-временной разрыв возле Килиманджаро, и Гроза, в детстве жившая поблизости, вместе с Шельмой отправляются на разведку. На месте выясняется, что деревня, где жила Гроза, полуразрушена, и виной всему юный мутант Мишнари — когда-то Шторм вдохнула в него жизнь, и мальчик обрел способность к развитию невероятно огромной скорости; в Мишнари вселился Король теней, который заставлял маленькую Грозу воровать и которого много лет назад заточил Ксавье, и теперь он требует у Грозы отдать ему её тело взамен на подростка. В это время Росомаха безуспешно пытается поймать Морфа, а Ксавье и Магнит выбираются из-под снега и обнаруживают перед собой затерянный мир, обитателей которого создал сам Магнит. В этом месте силы обоих не действуют, но Чарльз может ходить…

В постсоветской России идет гражданская война. С целью восстановления СССР военные возвращают к жизни некогда забракованного андроида «Омега-Ред» (другой вариант перевода - «Красный Омега»), но тот задумал взять бразды правления в свои руки. Колосс обращается к Людям Икс за помощью в победе над монстром, но никого, кроме Джубили, в резиденции не оказалось, поэтому Колосс отправляется в Россию вместе с ней. Вовремя подоспевший Росомаха помогает освободить пленников Омеги и на время задержать андроида, после чего рассказывает, что того невозможно уничтожить. Прибывает подмога в лице остальной команды Людей Икс. Они одерживают победу над войсками, но на Омегу их силы практически не действуют; тогда Гроза, выиграв время, вновь замораживает Омегу.

Росомаху заманивает в ловушку отряд Альфа — команда канадских мутантов, в которой он некогда служил. Логан нужен для того, чтобы военные во главе с генералом Чейзеном выяснили секрет создания его адамантиевого скелета. Облучение ничего не дает, и Чейзен дает приказ убить Росомаху и вынуть скелет из его тела; тогда весь отряд Альфа, за исключением его лидера Мстителя, приходит на помощь старому другу, и тот, улучив момент, сбегает из лаборатории.

Во время тренировки Циклопа некто звонит Гамбиту, управляющему симулятором, в результате чего тот приходит в ужас и отправляется к себе на родину, случайно поставив симулятор на максимальную сложность, в результате чего Скотт получает серьёзные травмы. Дело в том, что Гамбит некогда состоял в лиге Воров, издавна противостоявшей лиге Убийц, и теперь, если похищенный Убийцами брат Гамбита Бобби не принесет вовремя дань Всесильной (божеству, покровительствующему обеим лигам), то она его убьет. Взамен на Бобби и дань Убийцы требуют самого Гамбита…

Возвратившись в своё время, Квакер обнаруживает, что мир почти не изменился после его вмешательства. Мало того — чума свирепствует на улицах. Квакер вновь возвращается в девяностые годы двадцатого века и мешает Грайдену Криду Младшему (главе расистской группировки «Друзья человечества») заразить Зверя во время выступления последнего. Вместо этого заражается сам Крид, вслед за которым отправляются Квакер и Люди Икс. Оказывается, вирус был создан Апокалипсисом, принявшим на время человеческий облик. Команда успешно уничтожает вирус, после чего погибает от руки разъяренного Апокалипсиса. В этот же момент будущее Бицепса — 3999 год — начинает меняться. Компьютер говорит Бицепсу, что именно из-за предотвращения заражения мутантов чумой их род вымер…

Бицепс перемещается в тот же самый момент прошлого, что и Квакер. Он пытается остановить Квакера (а позже и Людей Икс), но терпит неудачу. Вернувшись на базу, Бицепс узнает о способностях Росомахи и решает использовать их в своих целях, для чего похищает Логана из зала суда во время потасовки с Кридом. Когда команда и Квакер попадают в лабораторию Апокалипсиса, Бицепс вместе с Росомахой телепортируется туда же и швыряет последнего в ёмкость с вирусом: Росомаха быстро излечивается от чумы, при этом вырабатывая особые антитела, которые помогут всем остальным мутантам в борьбе с эпидемией. Теперь будущее как Квакера, так и Бицепса спасено.

После столкновения Людей Икс с бандой Тени, Шельма начинает сходить с ума: ей повсюду мерещится странная женщина из её прошлого, однажды стертого Ксавье. Тень заманивает Шельму в больницу, в одной из палат которой лежит та самая женщина. Тень через прикосновение отдает часть своей памяти Шельме, и та вспоминает, как, будучи в составе банды, однажды впитала в себя силы и разум Мисс Чудо, из-за чего та впала в кому. Теперь Мисс Чудо пытается взять вверх над разумом Шельмы и захватить её тело, но не без помощи Джины Шельме удается навеки заточить своё второе я в подсознании. На следующий день она приносит цветы в палату и дотрагивается до лба Мисс Чудо. Уголок рта последней слегка шевелится, и показывается намек на то, что её сознание к ней возвращается.

Зверь работает над восстановлением зрения слепой от рождения девушки Карли, в которую влюблен, но после нападения на больницу «Друзей Человечества» Хэнк вынужден передать операцию своему другу, доктору Полсену, дабы пациентам и персоналу больницы не угрожала опасность. Поведение «Друзей человечества» приводит Логана в ярость, и тот под видом пострадавшего от мутантов человека проникает в их штаб-квартиру.

Монстр Моджо, телебосс из другого измерения, увольняет свою звезду Прострельщика ввиду низких рейтингов; на его место решено взять Людей Икс, которых Моджо и похищает (за исключением Гамбита и Джубили). Он заставляет мутантов попарно сражаться с созданными им образами в короткометражных «шоу», в конце которых главный герой обязательно погибает. Тем не менее, Джине удается, используя телепатию, поломать технику Моджо, и в этот же момент Прострельщик освобождает героев. Как результат — Моджо потерял зрителей, а Люди Икс вернулись в свой мир.

Скотт, Джина и Логан находят Морфа, выступающего в театре и использующего свои способности для исполнения ролей. Прямо в его гримёрной на троицу нападает команда Злыдня, которая похищает Джину. Тем временем, Ксавье и Магнит попадают в плен к мутоидам, некогда созданным Магнето; теперь они служат Мистеру Злыдню. Вскоре после этого друзей освобождает лидер сопротивления Казар, недолюбливающий Магнето за его прошлые дела в диком мире. Вместе они пытаются тайком пробраться в башню Злыдня, где располагается контролирующее способности мутантов устройство, но там их уже поджидают мутоиды. Казару удается бежать, но мутанты вновь становятся пленниками Злыдня, который при помощи способного к гипнозу и поглощению чужой энергии монстра Птерикса заставляет Чарльза вызвать оставшихся членов команды в дикий мир.

Злыдень решает опробовать своё новое изобретение, позволяющее выкачивать силы из одного мутанта и наделять ими другого. Первым становится Магнит, и эксперимент проходит успешно. Врывается Росомаха и устраивает потасовку, но противостоять мутоидам у него не получается; когда Казар освобождает своих людей и те ненадолго отвлекают внимание злодеев, Росомаха освобождает Ксавье и Морфа, которые уничтожают установку и, тем самым, возвращают всем их способности. В этом бою одержана победа — Злыдень физически уничтожен, пусть и ненадолго, а Морфа удается освободить из-под влияния злого гения.