Сезон 3

Капитан Пайк совместно с экипажем корабля устанавливает устройство слежения на корабль Горнов, который увез несколько пленников. «Энтерпрайз» следует за ним, игнорируя приказ Звездного Флота оставаться в пределах Федерации. Вскоре они обнаруживают двойную звездную систему, в которой скрывается родной мир Горнов.

После сражения с Горнами проходит три месяца, и экипаж корабля «Энтерпрайз» готовится к празднованию юбилея Федерации. Кристин возвращается в команду, и, к разочарованию Спока, приводит с собой Корби. Выпив, Спок просыпается в другой реальности, где вся команда готовится к их свадьбе с Чапел.

В теле капитана Батель активируется ДНК Горнов, и спасти ее может только редкий цветок. Пайк и М’Бенга отправляются на планету, где он растет. После противостояния с Клингонами им удается получить цветок, но Пайк оказывается в шоке от того, для каких целей Батель и М’Бенга собираются его использовать.

Ла’ан получает задание протестировать новый голографический симулятор и по ее просьбе компьютер создает детективную историю. Вскоре она оказывается в ловушке и с помощью Скотта понимает, что должна разгадать тайну, чтобы симуляция закончилась.

Под руководством Чапел и доктора Корби проводится археологическая экспедиция в древнем строении, в котором, по мнению Корби, можно найти секрет бессмертия. Гэмбл берет в руки светящийся шар, который взрывается и уничтожает его глаза. Обследования показывают, что мозг Гэмбла мертв, однако он каким-то образом остается в сознании.

Команда «Энтерпрайза» прибывает на помощь кораблю, пострадавшему при атаке. «Энтерпрайз» также захватывают разбойники — они отключают связь и начинают выкачивать энергию. Кирк с помощью команды разрабатывает план того, как вывести из строя их корабль, и вскоре с удивлением обнаруживает, кем разбойники являются на самом деле.

Пока Бето снимает документальный фильм о Звездном Флоте, «Энтерпрайз» помогает планете Лутани-7 в войне с соседней планетой Казар. Команда получает приказ доставить существо Джикару в зону боевых действий. Ученые Лутани-7 атакуют корабль и дают существу сбежать. Спок пытается связаться с ним с помощью телепатии, из-за чего оказывается в коме.

Пайк, Чапел, Ухура и Ла’ан выполняют миссию, в рамках которой им нужно превратиться в вулканцев. Они решают остаться вулканцами, что приводит к изменениям в их характерах и привычках. После нескольких конфликтов Спок вынужден искать способ убедить их вернуться в привычное состояние.

Во время миссии Ортегас оказывается на Луне и обнаруживает там Горна. Горн помогает Эрике и кормит ее, и через некоторое время они становятся друзьями. Тем временем Ухура предлагает Пайку провести корабль через червоточину, чтобы как можно быстрее найти Ортегас.

Батель собирается оставить «Энтерпрайз», чтобы перейти на новую позицию. Команда выясняет, что Везда использовала тело Гэмбла, чтобы сбежать. Корабль отправляется на его спасение, однако из-за этого им приходится придумывать, как открыть портал без М’Бенги и Гэмбла.