Сезон 3

Черепашки, Эйприл и Кейси живут на ферме семьи О'Нил. Лео приходит в себя. Донни делает мутагенную смесь, которую Лео проливает в лесу.

Черепашки находят в лесу Йети на которого охотится безумный охотник.

Во время уборки команда обнаруживает потайной подвал в котором обнаруживают заброшенный корабль Крэнгов. Внутри они находят маму Эйприл.

Мики натыкается на племя лягушек-мутантов, которые не любят людей.

Сны черепашек захватывают приснившиеся бобры.

На дороге бушует машина-мутант, которой Кейси бросает вызов.

Мики, Донни, Рафа и Кейси похищает химера. Эйприл и Лео должны спасти друзей.

Черепашки отправляются в лес для воссоединения с природой. Там они сражаются со внутренними врагами. По возвращению они принимают решения вернуться в Нью-Йорк.

Команда возвращается в Нью-Йорк, спасают Сплинтера из рук Шреддера и поселяются в пиццерии Антонио.

Иван Стеранко и Антон Зек похищают Карай, чтобы обменять её у Шреддера на выезд из города.

Стеранко и Зек мутируют в Рокстеди и Бибопа и собираются разделаться с черепахами.

Черепашки и команда Мутанималов, состоящая из Слэша, Кожеголового, Доктора Роквэлла и Голубя Пита, собираются спасти Нью-Йорк от Крэнгов.

Черепашки и команда Мутанималов, состоящая из Слэша, Кожеголового, Доктора Роквэлла и Голубя Пита, собираются спасти Нью-Йорк от Крэнгов.

Кейси собирается в одиночку одолеть Шреддера.

Во время драки черепах с Бибопом и Рокстеди мутаген попадает на мусорщика, который превращается в чудовище из мусора.

Тигриный коготь берёт в плен Слэша и Доктора Роквэлла, которых Шреддер берёт под свой контроль.

Кейси и Мики встречают мутанта-ящерицу Мондо Гекко, который заманивает их в смертельную гонку Саблезуба на скейтбордах.

Шреддер берёт под контроль Карай и приказывает ей уничтожить черепах и Сплинтера.

Черепахи отправляются в путешествие во времени вместе с новой подругой Ренет, чтобы одолеть злобного Саванти Ромеро.

Черепашки попадают во времена вражды кланов Хомато и Саки, где им необходимо не изменить ход истории, чтобы не исчезнуть самим.

Черепашки пытаются спасти Карай из лап Шреддера.

В лаборатории у Донни разбивается банка с Крипом и он освобождается, в то время как Донни начинает тупеть.

Карай заманивает черепах в ловушку и пытает их. Сплинтер должен спасти своих сыновей.

Трицеатон Зог прибывает на Землю с целью уничтожить вернувшихся на нее Крэнгов.

Черепашки встречают представителя расы Утромов Бишопа, который рассказывает им, что Крэнги починили Технодром и вновь планируют вторжение. Во время вторжения Крэнгов прилетают Трицератоны и собираются взорвать Землю, чтобы уничтожить Крэнгов.

Черепашки встречают представителя расы Утромов Бишопа, который рассказывает им, что Крэнги починили Технодром и вновь планируют вторжение. Во время вторжения Крэнгов прилетают Трицератоны и собираются взорвать Землю, чтобы уничтожить Крэнгов.