Сезон 2

Едва избежав полного уничтожения Вейдером, Асока Тано посылает «Призрак» найти бывшего военного в системе Сиелос, который знает о полезных укрытиях во Внешнем кольце. Пока Гера и Чоппер остаются чинить «Призрак» на орбите, остальные берут шаттл и вскоре обнаруживают командира — это клон-капитан Рекс, который живёт в шагоходе AT-TE вместе с друзьями-клонами — коммандерами Вульфом и Грегором.

Адмирал Кассиус Константин и агент Александр Каллус прибывают в систему Сиелос. Эзра пытается убедить клонов присоединиться к Восстанию, но Рекс и остальные, стараясь загладить свою вину, предлагают задержать имперцев, чтобы повстанцы могли сбежать. Каллус приказывает клонам сдать повстанцев, но когда Рекс отказывается, Каллус прибывает с тремя AT-AT.

Зеб, Сабин и Чоппер вместе с Эзрой, сбежавшим от противоречивых наставлений Кэнана и Рекса, отправляются на заброшенную медицинскую базу Галактической Республики в поисках лекарств. Чоппер активирует энергию всей базы, что не скрывается от сенсоров флота Константина.

Эзра получает сигнал бедствия с корабля Визаго. Эзра и Чоппер решили посмотреть, что случилось. Когда они прибывают на корабль, то узнают, что корабль «выигран» в саббак пиратом Хондо Онака. Эзра обнаруживает на борту груз генераторов, которые давно хочет закупить Гера, и договаривается с Хондо о продажи части генераторов, при условии что четыре уйдёт ему.

Эскадрилья «Феникс» пытается прорвать имперскую блокаду Ибаара, но их транспорт с продовольствием сбивают — миссия провалена. Рекс рассказывает о том, что один инженер-мон-каламари разрабатывал истребитель для прорыва блокад. Гере удаётся найти и убедить этого инженера — Кворри, передать его корабль, B-wing, Альянсу.

Гера отправляет Сабин, Эзру и Чоппера на поиски неизвестного информационного курьера, который оказывается неуклюжим дроидом. За этим же дроидом охотиться Кетсу О́но, старый «друг» Сабин. Когда несколько штурмовиков обнаруживают их, Сабин и Чоппер крадут корабль и уходят с планеты с дроидом, а Эзра остаётся в космопорту.

Эзра и командор Сато попадают в плен, когда их корвет оказывается вырван из гиперпространства новым имперским оружием — экспериментальным крейсером «Запретитель», генерирующим гравитацию, достаточно сильную, чтобы вытаскивать корабли из гиперпространства. Гера посылает Кэнана, Рекса и Чоппера, чтобы спасти их, используя украденный челнок, броню штурмовиков и знания Рекса об имперских кодах и протоколах для проникновения на крейсер.

Асока сообщает Кэнану, что она продолжает расследование в отношении Вейдера, но найти информацию о нём сложно. Но она перехватила передачу двух координат: она направляется к одному из них, а Кэнана, Эзра, Зеб и Чоппер к другому. На обратном пути к шаттлу инквизиторы нагоняют повстанцев, но их спасает прибывшая Асока. Повстанцы уходят, но один из дроидов Седьмой сестры записал слова Эзры, упомянувшего в качестве свой базы планету Гарел.

Эзры видит яркий сон о родителях — он убеждён, что это видение, которое приведёт его к раскрытию их судьбы. Гера и Кэнан рассказывают, что они тайно проводили месяцы, исследуя данные от Цыбо, и среди них была информация о недавнем массовом бегстве заключённых из тюрьмы Лотал-Сити. Когда «Призрак» готовится вернуться на Лотал, Имперский флот прибывает на Гарел.

Пока Эзра «переваривает» новости о родителях, сенатор Бейл Органа отправляет повстанцам три корвета «Молотоглав». Миссия, представленная как доставка гуманитарной помощи, возглавляется Леей Органой.

Когда Империя усиливает блокаду Лотала, повстанцы начинают искать новый путь для контрабанды. Гера и Сабин отправляются на Конкорд-Даун, чтобы попросить безопасного прохода у Защитников, мандалорской фракции, которая контролирует планету. Однако Защитники заявляют, что они на стороне Империи, и немедленно атакуют.

Следуя совету Хондо, команда «Призрака» спасает пару ласат из имперского рабства: Чаву Мудрую и Грона. Оба они признают в Зебе капитана Королевского почётного караула Ласана. Чава и Грон объясняют, что они ищут мифический мир Лира-Сан, где выжившие ласаты смогут найти убежище.

Команда «Призрака» намеревается перехватить поставку топлива с удалённой станции Горной гильдии имперцам. На эту станцию одновременно нападают пёргиллы — космические существа, считающиеся опасными для кораблей. Пока Кэнан и Эзра отправились «воровать», остальные попытались поджечь запасы горняков, которые оказали серьёзное сопротивление.

Эскадрилья «Феникс» нуждается в новой базе, и командор Сато присматривает её — имперский авианосец, базирующийся на орбите Рилота, родины Геры. Она связывается со своим отцом, героем Войн клонов и главой местной повстанческой ячейки Чамом Синдуллой. Чам уже готовил операцию по уничтожению авианосца, но с неохотой соглашается на его захват, при условии, что он и его люди примут в этом участие.

Получив сообщение об имперской активности на Джеонозисе, команда «Призрака» отправилась исследовать его. Выясняется, что ранее густонаселённая местными планета теперь безжизненна, а на орбите имеются свидетельства создания чего-то большого.

В очередной раз столкнувшись с инквизиторами, Кэнан и Эзра приходят к выводу, что их нахождение с флотом небезопасно для последнего. Вместе с Асокой они отправляются в Храм джедаев на Лотале, чтобы «получить ответы».

Команда «Призрака» снова занимается похищением топлива, на этот раз с базы «Горизонт». Чоппер, вместо того, чтобы выполнить приказ Геры и остаться на корабле, отправился по магазинам в поисках новой «ноги». Найдя подходящую, он её похищает с витрины, и вдруг обнаруживает, что «Призрак» улетел — никто и не заметил, что дроида нет.

Эскадрилья «Феникс» обосновалась на Атоллоне. Но во время установки сенсоров пропадает пилот. Командор Сато на её поиски отправляет Сабин и Рекса. Вскоре они обнаруживают, что тут живут огромные пауки, которые убили пилота, а затем схватили и Рекса.

Асока, Эзра, Кэнан и Чоппер прибывают на Мэлакор. В одной из пещер скрыт древний Храм ситхов, вокруг которого когда-то шло сражение между джедаями и ситхами, и все они «застыли» в камне после неизвестного катаклизма.